Zavod za primijenjeno računarstvo formiran je krajem 2005. iz Grupe računarske znanosti koja je djelovala unutar Zavoda za primijenjenu matematiku. Znanstvena djelatnost je pretežito potaknuta problemima koji se javljaju u stvarnom svijetu i predstavljaju poticaj za istraživanje.
Znanstveni rad je potaknut opisanim praktičnim projektima. U početku su prevladavale numeričke metode. Kasnije prevladavaju teme programskog inženjerstva, distribuiranih baza podataka, udaljenog učenja, aplikacija usmjerenih na Web i analize slučajeva iz prakse. Oko stotinu znanstvenih i stručnih radova je međunarodno objavljeno, uglavnom na konferencijama, a dio u časopisima i knjigama.