Bioinformatika 1

Ishodi učenja

  1. Objasniti neke od otvorenih problema i izazova u modernoj bioinformatici
  2. Ocijeniti mogućnost primjene pojedinih bioinformatičkih algoritama
  3. Dizajnirati algortime koji rješavaju probleme u sastavljanju sekvenci
  4. Usporediti i evaluirati metode za poravnanje sekvenci
  5. Dizajnirati algoritme za izradu filogenetskih stabala
  6. Analizirati podatatke iz bioloških baza
  7. Dizajnirati indeksne strukture temeljene na sufiksnim stabla i sufiksnim poljima

Oblici nastave

Predavanja

Predavanja u učionici.

Samostalni zadaci

Timski rad na implementaciji metode.

Način ocjenjivanja

Kontinuirana nastava Ispitni rok
Vrsta provjere Prag Udio u ocjeni Prag Udio u ocjeni
Seminar/Projekt 0 % 40 % 0 % 40 %
Međuispit: Pismeni 40 % 25 % 0 %
Završni ispit: Pismeni 40 % 35 %
Ispit: Pismeni 40 % 60 %

Tjedni plan nastave

  1. Proteini. RNA i DNA, Bioinformatičke baze podataka, Formati podataka
  2. Biološki slijedovi i strukture, Algoritmi dinamičkog programiranja, Projekt
  3. Algoritmi dinamičkog programiranja, Projekt
  4. Sufiksna stabla, Projekt
  5. Sufiksna stabla, Projekt
  6. Sufiksna polja, Projekt
  7. Sufiksna polja, FM indeks, Projekt
  8. Međuispit
  9. Poravnanje više slijedova, Pretraživanje baza sljedova, BLAST algoritam
  10. Poravnanje, Zamjenski model, Projekt
  11. Izgradnja stabla, Evaluacija stabla, Projekt
  12. Medote sekvenciranja, Mapiranje očitanja, Projekt
  13. De novo sastavljanje, Preklapanje-Razmještaj-Konsenzus, Projekt
  14. Graf nizova, De Brujin graf, Projekt
  15. Završni ispit

Studijski programi

Sveučilišni preddiplomski
Elektrotehnika i informacijska tehnologija (studij)
Izborni predmeti (6. semestar)
Računarstvo (studij)
Izborni predmeti (6. semestar)

Literatura

(.), Mile Sikic, Mirjana Domazet-Loso, Skripta iz bioinformatike,
(.), N.C. Jones, P. J. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms,
(.), D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology,

Izvedba

ID 183492
  Ljetni semestar
5 ECTS
R3 Engleski jezik
R1 E-učenje
45 Predavanja
0 Auditorne vježbe
0 Laboratorijske vježbe
0 Konstrukcijske vježbe

Ocjenjivanje

90 izvrstan
75 vrlo dobar
60 dobar
50 dovoljan