Bioinformatika 1
Ishodi učenja
- Objasniti neke od otvorenih problema i izazova u modernoj bioinformatici
- Ocijeniti mogućnost primjene pojedinih bioinformatičkih algoritama
- Dizajnirati algortime koji rješavaju probleme u sastavljanju sekvenci
- Usporediti i evaluirati metode za poravnanje sekvenci
- Dizajnirati algoritme za izradu filogenetskih stabala
- Analizirati podatatke iz bioloških baza
- Dizajnirati indeksne strukture temeljene na sufiksnim stabla i sufiksnim poljima
Oblici nastave
Predavanja
Predavanja u učionici.
Samostalni zadaciTimski rad na implementaciji metode.
Način ocjenjivanja
Odlukom Fakultetskoga vijeća, u akademskoj godini 2019./2020. međuispiti su ukinuti, a bodovi pridijeljeni toj komponenti prebacuju se u završni ispit, osim u slučaju kad su nositelji drugačije preraspodijelili bodove i komponente provjere. Obavijest o načinu ocjenjivanja potražite među obavijestima vezanim uz svaki predmet.
Kontinuirana nastava | Ispitni rok | |||||
---|---|---|---|---|---|---|
Vrsta provjere | Prag | Udio u ocjeni | Prag | Udio u ocjeni | ||
Seminar/Projekt | 0 % | 40 % | 0 % | 40 % | ||
Međuispit: Pismeni | 40 % | 25 % | 0 % | |||
Završni ispit: Pismeni | 40 % | 35 % | ||||
Ispit: Pismeni | 40 % | 60 % |
Tjedni plan nastave
- Proteini. RNA i DNA. Bioinformatičke baze podataka. Formati podataka.
- Biološki slijedovi i strukture. Algoritmi dinamičkog programiranja. Projekt.
- Algoritmi dinamičkog programiranja. Projekt.
- Sufiksna stabla. Projekt.
- Sufiksna stabla. Projekt.
- Sufiksna polja. Projekt.
- Sufiksna polja. FM indeks. Projekt.
- Međuispit.
- Poravnanje više slijedova. Pretraživanje baza sljedova. BLAST algoritam.
- Poravnanje. Zamjenski model. Projekt.
- Izgradnja stabla. Evaluacija stabla. Projekt.
- Medote sekvenciranja. Mapiranje očitanja. Projekt.
- De novo sastavljanje. Preklapanje-Razmještaj-Konsenzus. Projekt.
- Graf nizova. De Brujin graf. Projekt.
- Završni ispit.
Studijski programi
Sveučilišni preddiplomski
Elektrotehnika i informacijska tehnologija (studij)
Izborni predmeti
(6. semestar)
Računarstvo (studij)
Izborni predmeti
(6. semestar)
Sveučilišni diplomski
Obradba informacija (profil)
Predmeti specijalizacije profila
(2. semestar)
Programsko inženjerstvo i informacijski sustavi (profil)
Predmeti specijalizacije profila
(2. semestar)
Računalno inženjerstvo (profil)
Predmeti specijalizacije profila
(2. semestar)
Literatura
(.), Mile Sikic, Mirjana Domazet-Loso, Skripta iz bioinformatike,
(.), N.C. Jones, P. J. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms,
(.), D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology,
Predavanja
Izvedba
ID 183492
Ljetni semestar
5 ECTS
R1 Engleski jezik
R1 E-učenje
26 Predavanja
0 Auditorne vježbe
0 Laboratorijske vježbe
0 Konstrukcijske vježbe
Ocjenjivanje
90 izvrstan
75 vrlo dobar
60 dobar
50 dovoljan