Bioinformatika 1

Ishodi učenja

  1. Objasniti neke od otvorenih problema i izazova u modernoj bioinformatici
  2. Ocijeniti mogućnost primjene pojedinih bioinformatičkih algoritama
  3. Dizajnirati algortime koji rješavaju probleme u sastavljanju sekvenci
  4. Usporediti i evaluirati metode za poravnanje sekvenci
  5. Dizajnirati algoritme za izradu filogenetskih stabala
  6. Analizirati podatatke iz bioloških baza
  7. Dizajnirati indeksne strukture temeljene na sufiksnim stabla i sufiksnim poljima

Oblici nastave

Predavanja

Predavanja u učionici.

Samostalni zadaci

Timski rad na implementaciji metode.

Način ocjenjivanja

   
Odlukom Fakultetskoga vijeća, u akademskoj godini 2019./2020. međuispiti su ukinuti, a bodovi pridijeljeni toj komponenti prebacuju se u završni ispit, osim u slučaju kad su nositelji drugačije preraspodijelili bodove i komponente provjere. Obavijest o načinu ocjenjivanja potražite među obavijestima vezanim uz svaki predmet.
   
Kontinuirana nastava Ispitni rok
Vrsta provjere Prag Udio u ocjeni Prag Udio u ocjeni
Seminar/Projekt 0 % 40 % 0 % 40 %
Međuispit: Pismeni 40 % 25 % 0 %
Završni ispit: Pismeni 40 % 35 %
Ispit: Pismeni 40 % 60 %

Tjedni plan nastave

  1. Proteini. RNA i DNA. Bioinformatičke baze podataka. Formati podataka.
  2. Biološki slijedovi i strukture. Algoritmi dinamičkog programiranja. Projekt.
  3. Algoritmi dinamičkog programiranja. Projekt.
  4. Sufiksna stabla. Projekt.
  5. Sufiksna stabla. Projekt.
  6. Sufiksna polja. Projekt.
  7. Sufiksna polja. FM indeks. Projekt.
  8. Međuispit.
  9. Poravnanje više slijedova. Pretraživanje baza sljedova. BLAST algoritam.
  10. Poravnanje. Zamjenski model. Projekt.
  11. Izgradnja stabla. Evaluacija stabla. Projekt.
  12. Medote sekvenciranja. Mapiranje očitanja. Projekt.
  13. De novo sastavljanje. Preklapanje-Razmještaj-Konsenzus. Projekt.
  14. Graf nizova. De Brujin graf. Projekt.
  15. Završni ispit.

Studijski programi

Sveučilišni preddiplomski
Elektrotehnika i informacijska tehnologija (studij)
Izborni predmeti (6. semestar)
Računarstvo (studij)
Izborni predmeti (6. semestar)

Literatura

(.), Mile Sikic, Mirjana Domazet-Loso, Skripta iz bioinformatike,
(.), N.C. Jones, P. J. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms,
(.), D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology,

Izvedba

ID 183492
  Ljetni semestar
5 ECTS
R1 Engleski jezik
R1 E-učenje
26 Predavanja
0 Auditorne vježbe
0 Laboratorijske vježbe
0 Konstrukcijske vježbe

Ocjenjivanje

90 izvrstan
75 vrlo dobar
60 dobar
50 dovoljan