Svoju kvalitetu Fakultet potvrđuje i u domaćim i međunarodnim akreditacijskim postupcima: na Fakultetu je od 2005. godine provedeno nekoliko akreditacijskih postupaka i na svima smo postigli vrhunske rezultate.
Agencija za znanost i visoko obrazovanje
Agencija za znanost i visoko obrazovanje provela je tri vrednovanja.
- 2010. godine započela je postupak vanjske prosudbe sustava osiguravanja kvalitete; postupak je završen u rujnu 2012. godine kad je Fakultetu dodijeljen certifikat, kojim je potvrđeno da je sustav osiguravanja kvalitete FER-a učinkovit i u razvijenoj fazi;
- reakreditacija Fakulteta u skladu sa Zakonom o osiguravanju kvalitete u znanosti i visokom obrazovanju provedena je u akademskoj godini 2011./2012.;
- reakreditacija doktorskog programa provedena je 2016. godine; doktorski studij FER-a ocijenjen je visokom razinom kvalitete, kao jedan od tri doktorska studija u Hrvatskoj i jedini na Sveučilištu u Zagrebu;
- reakreditacija Fakulteta provedena je u akademskoj godini 2017./2018.
Akreditacija agencije ASIIN
Međunarodnu akreditaciju prijediplomskih i diplomskih studijskih programa FER-a provela je ugledna akreditacijska agencija za studijske programe iz područja tehničkih znanosti, informatike, prirodoslovlja i matematike - ASIIN (Akkreditierungsagentur für Studiengänge der Ingenieurwissenschaften, der Informatik, der Naturwissenschaften und der Mathematik e.V.). u dva navrata:
- inicijalnu akreditaciju 2006. i 2007. godine,
- reakreditaciju od 2012. do 2014. godine.
Detaljnije informacije o vrednovanju koje je proveo ASIIN te preslike certifikata dostupne su na stranicama posvećenim toj akreditaciji.