Upravu Fakulteta čine dekan i prodekani. Bira ih Fakultetsko vijeće tajnim glasanjem, a mandat traje dvije godine. Ista osoba može obnašati dužnost dekana u najviše dva mandata. Dekan za svoj rad odgovara Fakultetskome vijeću i rektoru.
Dekan
prof. dr. sc. Mislav Grgić
Prodekan za poslovanje
izv. prof. dr. sc. Mario Vražić
(01) 6129 642
Prodekan za nastavu
prof. dr. sc. Marko Delimar
(01) 6129 800
Prodekan za znanost
izv. prof. dr. sc. Gordan Gledec
(01) 6129 800