Upravu Fakulteta čine dekan i prodekani. Bira ih Fakultetsko vijeće tajnim glasanjem, a mandat traje dvije godine. Ista osoba može obnašati dužnost dekana u najviše dva mandata. Dekan za svoj rad odgovara Fakultetskome vijeću i rektoru.
Dekan
prof. dr. sc. Gordan Gledec
Prodekan za poslovanje
prof. dr. sc. Mario Vražić
(01) 6129 642
Prodekanica za nastavu
doc. dr. sc. Mihaela Vranić
(01) 6129 800
Prodekan za znanost
prof. dr. sc. Nikola Mišković
(01) 6129 800