| |
Poglavlja u knjizi
|
| |
1. Franke, Vedran; Šikić, Mile; Vlahoviček, Kristian.
Prediction of interacting protein residues using sequence and structure data. // Computational Drug Discovery and Design / Riccardo Baron (ur.).
New York, Dordrecht, Heidelberg, London : Springer, 2012.
Str. 233-251.
| |
|
|
|
| |
Izvorni znanstveni i pregledni radovi u CC časopisima
|
| |
1. Gebavi, Hrvoje; Ristić, Davor; Baran, Nikola; Mikac, Lara; Mohaček-Grošev, Vlasta; Gotić, Marijan; Šikić, Mile; Ivanda, Mile.
Horizontal silicon nanowires for surface-enhanced Raman spectroscopy. // Materials research express. 15 (2018) , 1; (članak, znanstveni).
|
2. Gebavi, Hrvoje; Mikac, Lara; Marciuš, Marijan; Šikić, Mile; Mohaček-Grošev, Vlasta; Janči, Tibor; Vidaček, Sanja; Hasanspahić, Emina; Omanović Miklićanin, Enisa; Ivanda, Mile.
Silicon Nanowires Substrates Fabrication for Ultra-Sensitive Surface Enhanced Raman Spectroscopy Sensors. // Croatica chemica acta. 90 (2017) , 2; 256-262 (članak, znanstveni).
|
3. Križanović, Krešimir; Echchiki, Amina; Roux, Julien; Šikić, Mile.
Evaluation of tools for long read RNA-seq splice- aware alignment. // Bioinformatics. btx668 (2017) ; (članak, znanstveni).
|
4. Šošić, Martin; Šikić, Mile.
Edlib: a C/C ++ library for fast, exact sequence alignment using edit distance. // Bioinformatics. 33 (2017) , 9; 1394-1395 (članak, znanstveni).
|
5. Vaser, Robert; Sović, Ivan; Nagaranjan, Niranjan; Šikić, Mile.
Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads. // Genome research. 27 (2017) ; 737-746 (članak, znanstveni).
|
6. Sović, Ivan; Križanović, Krešimir; Skala, Karolj; Šikić, Mile.
Evaluation of hybrid and non-hybrid methods for de novo assembly of nanopore reads. // Bioinformatics. 32 (2016) , 17; 2582-2589 (članak, znanstveni).
|
7. Sović, Ivan; Šikić, Mile; Wilm Andreas; Fenlon, Shannon Nicole; Chen, Swaine.
Fast and sensitive mapping of nanopore sequencing reads with GraphMap. // Nature Communications. 7 (2016) ; 11307-1-11307-11 (članak, znanstveni).
|
8. Vaser, Robert; Adusumalli, Swarnaseetha; Ngak Leng, Sim; Šikić, Mile; Ng, Pauline C.
SIFT missense predictions for genomes. // Nature Protocols. 11 (2016) ; 1-9 (članak, znanstveni).
|
9. Vaser, Robert; Pavlović, Dario; Šikić, Mile.
SWORD—a highly efficient protein database search. // Bioinformatics. 32 (2016) , 17; 680-684 (članak, znanstveni).
|
10. Antulov-Fantulin, Nino; Lančić, Alen; Šmuc, Tomislav; Štefančić, Hrvoje; Šikić, Mile.
Identification of Patient Zero in Static and Temporal Networks : Robustness and Limitations. // Physical Review Letters. 114 (2015) ; 248701-1-248701-5 (članak, znanstveni).
|
11. Khoo, Aik-Aun; Ogrizek-Tomaš, Mario; Bulović, Ana; Korpar, Matija; Gurler, Ece; Slijepčević, Ivan; Šikić, Mile; Mihalek, Ivana.
ExoLocator—an online view into genetic makeup of vertebrate proteins. // Nucleic acids research. 42 (2014) , D1; 879-881 (članak, znanstveni).
|
12. Antulov-Fantulin, Nino; Lančić, Alen; Štefančić, Hrvoje; Šikić, Mile.
FastSIR algorithm : A fast algorithm for the simulation of the epidemic spread in large networks by using the susceptible–infected–recovered compartment model. // Information sciences. 239 (2013) ; 226-240 (članak, znanstveni).
|
13. Korpar, Matija; Šikić, Mile.
SW#–GPU-enabled exact alignments on genome scale. // Bioinformatics. 29 (2013) , 19; 2494-2495 (kratko priopćenje, znanstveni).
|
14. Šikić, Mile; Lančić, Alen; Antulov-Fantulin, Nino; Štefančić, Hrvoje.
Epidemic centrality — is there an underestimated epidemic impact of network peripheral nodes?. // European physical journal B : condensed matter physics. 86 (2013) , 10; 440-1-440-13 (članak, znanstveni).
|
15. Tus, Alan; Rakipović, Alen; Peretin, Goran; Tomić, Sanja; Šikić, Mile.
BioMe : biologically relevant metals. // Nucleic acids research. 40 (2012) ; W352-W357 (članak, znanstveni).
|
16. Lančić, Alen; Antulov-Fantulin, Nino; Šikić, Mile; Štefančić, Hrvoje.
Phase diagram of epidemic spreading — unimodal vs. bimodal probability distributions. // Physica. A, Statistical mechanics and its applications. 390 (2011) , 1; 65-76 (članak, znanstveni).
|
17. Dokmanić, Ivan; Šikić, Mile; Tomić, Sanja.
Metals in proteins: correlation between the metal-ion type, coordination number and the amino-acid residues involved in the coordination. // Acta Crystallographica Section D - Biological Crystallography. 64 (2008) , 3; 257-263 (članak, znanstveni).
| |
|
|
|
| |
Znanstveni radovi u drugim časopisima
|
| |
1. Korpar, Matija; Šošić, Martin; Blažeka, Dino; Šikić, Mile.
SW#db: GPU-Accelerated Exact Sequence Similarity Database Search. // PLoS One. 10 (2015) , 12; (članak, znanstveni).
|
2. Sandhu, Kuljeet Singh; Li, Guoliang; Poh, Huay Mei; Quek, Yu Ling Kelly; Sia, Yee Yen; Peh, Su Qin; Mulawadi, Fabianus Hendriyan; Lim, Joanne; Šikić, Mile; Menghi, Francesca; Thalamuthu, Anbupalam; Sung, Wing Kin; Ruan, Xiaoan; Fullwood, Melissa Jane; Liu, Edison; Csermely, Peter; Ruan, Yijun.
Large-Scale Functional Organization of Long-Range Chromatin Interaction Networks. // Cell reports. 2 (2012) ; 1-13 (članak, znanstveni).
|
3. Šikić, Mile; Tomić, Sanja; Vlahoviček, Kristian.
Prediction of Protein-Protein Interaction Sites in Sequences and 3D Structures by Random Forests. // Plos computational biology. 5 (2009) , 1; e1000278-1-e1000278-9 (članak, znanstveni).
|
4. Mihel, Josip; Šikić, Mile; Tomić, Sanja; Jeren Branko; Vlahoviček, Kristian.
PSAIA - Protein Structure and Interaction Analyzer. // Bmc structural biology. 8 (2008) ; (članak, znanstveni).
| |
|
|
|
| |
Kongresno priopćenje (sažeci) u ostalim časopisima
|
| |
1. Križanović, Krešimir; Sović, Ivan; Krpelnik, Ivan; Šikić, Mile.
RNA Transcriptome Mapping with GraphMap // Bioinformatics Research and Applications 13th International Symposium, ISBRA 2017 / Cai, Zhipeng ; Daescu, Ovidiu ; Li, Min (ur.).
Springer, 2017. (predavanje,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).
| |
|
|
|
| |
Objavljena pozvana predavanja na skupovima
|
| |
1. Tomić, Sanja; Brkić, Hrvoje; Grabar Branilović, Marina; Tomić, Antonija; Branimir, Bertoša; Mile, Šikić.
Proteini i nukleinske kiseline u vremenu i prostoru // Bioinformatics and biological physics: proceedings of the scientific meeting / Paar, Vladimir (ur.).
Zagreb : Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti, 2013. 149-157 (pozvano predavanje,domaća recenzija,objavljeni rad).
|
2. Šikić, Mile.
Mobile content efficiency and business model // Major Cities of Europe IT User's Group, Zagreb 2003.
2003. (pozvano predavanje,objavljeni rad).
| |
|
|
|
| |
Znanstveni radovi u zbornicima skupova s međunar.rec.
|
| |
1. Piškorec, Matija; Antulov-Fantulin, Nino; Miholić, Iva; Šmuc, Tomislav; Šikić, Mile.
Modeling Peer and External Influence in Online Social Networks: Case of 2013 Referendum in Croatia // Complex Networks and Their Applications VI: Proceedings of Complex Networks 2017 (The Sixth International Conference on Complex Networks and Their Applications) / Cherifi, Chantal ; Cherifi, Hocine ; Karsai, Marton ; Musolesi, Mirco (ur.).
Springer International Publishing, 2017. 1015-1027 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
|
2. Ristov, Strahil; Vaser Robert; Šikić Mile.
Trade-offs in query and target indexing for the selection of candidates in protein homology searches // Proceedings of The Prague Stringology Conference 2017 / Jan Holub and Jan Ždarek (ur.).
Prag : Czech Technical University in Prague, 2017. 118-125 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
|
3. Tomljanović, Jan; Šebrek, Tomislav; Šikić, Mile.
Unsupervised Learning of Sequencing Read Types // Proceedings of the 2017 International Conference on Computational Biology and Bioinformatics.
2017. 12-17 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
|
4. Križanović, Krešimir; Marinović, Mladen; Bulović, Ana; Vaser, Robert; Šikić, Mile.
TGTP-DB – a database for extracting genome, transcriptome and proteome data using taxonomy // Proceedings of the 39th International Convention Mipro 2016, Distributed Computing, Visualization and Biomedical Engineering /DC VIS / Biljanović, Petar (ur.).
Rijeka : Croatian Society for Information and Communication Technology, Electronics and Microelectronics - MIPRO, 2016. 472-476 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
|
5. Vaser, Robert; Pavlović, Dario; Šikić, Mile.
SWORD—a highly efficient protein database search // ECCB 2016: THE 15TH EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY.
2016. 680-684 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
|
6. Antulov-Fantulin, Nino; Lančić, Alen; Štefančić, Hrvoje; Šikić, Mile; Šmuc, Tomislav.
Statistical Inference Framework for Source Detection of Contagion Processes on Arbitrary Network Structures // Proceedings of 2014 IEEE Eighth International Conference on Self-Adaptive and Self-Organizing Systems Workshops.
2015. 78-83 (međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
|
7. Novak, Andrej; Križanović, Krešimir; Lančić, Alen; Šikić, Mile.
Some new results on assessment of Q-gram filter efficiency // 9th International Symposium on Image and Signal Processing and Analysis (ISPA) 2015 . proceedings.
IEEE, 2015. 294-297 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
|
8. Pavlović, Dario; Vaser, Robert; Korpar, Matija; Šikić, Mile.
Protein database search optimization based on CUDA and MPI // .
(predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
|
9. Sović, Ivan; Skala, Karolj; Šikić, Mile.
Approaches to DNA de novo Assembly // Mipro 2013, Proceedings of the 36th International Convention.
(predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
|
10. Sović, Ivan; Šikić, Mile; Skala, Karolj.
Aspects of DNA Assembly Acceleration on Reconfigurable Platforms // PROCEEDINGS IT SYSTEMS 2013 / Žagar, Martin ; Knezović, Josip ; Mlinarić, Hrvoje ; Hofman Daniel, Kovač Mario (ur.).
Bol, Brač, Hrvatska : University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2013. 289-292 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
|
11. Šošić, Matija; Šikić, Mile.
CUDA implementation of the algorithm for simulating the epidemic spreading over large networks // .
(predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
|
12. Sović, Ivan; Antulov-Fantulin, Nino; Čanadi, Igor; Šikić, Mile.
Parallel Protein Docking Tool // 33rd International Convention on Information and Communication Technology, Electronics and Microelectronics (MIPRO 2010) : Proceedings.
Opatija, 2010. 1333-1338 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
|
13. Stanke, Mladen; Šikić, Mile.
Comparison of the RADIUS and Diameter Protocols // Information Technology Interfaces, 2008. ITI 2008. 30th International Conference on.
Dubrovnik, 2008. 893-898 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
|
14. Katić, Tihomir; Šikić, Mile; Šikić, Krešimir.
Protecting and controlling Virtual LANs by Linux router-firewall // Proceedings of the 27th International Conference on Information Technology Interfaces / Lužar - Stiffler, Vesna ; Hljuz Dobrić, Vesna ; Dobrenić, Nataša (ur.).
Zagreb : SRCE University Computing Centre, University of Zagreb, 2005. 549-554 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
|
15. Šikić, Mile.
Model naplate sadržaja i usluga u mobilnim paketskim mrežama // Computer in telecommunications.
Zagreb, 2003. 68-73 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
| |
|
|
|
| |
Drugi radovi u zbornicima skupova s recenzijom
|
| |
1. Šikić, Mile.
Sigurnost bežičnih LAN-ova // KOM 2003, Komunikacijske tehnologije i norme u informatici / Polonijo, Mislav (ur.).
Rijeka : CASE d.o.o., 2003. III-41 - III-55 (predavanje,domaća recenzija,objavljeni rad,stručni).
| |
|
|
|
| |
Radovi u zbornicima skupova bez recenzije
|
| |
1. Šikić, Mile.
Efikasno upravljanje e-mailom // E-biz 2004 / Mislav Polonijo (ur.).
Rijeka : CASE, 2004. (predavanje,objavljeni rad,stručni).
| |
|
|
|
| |
Sažeci u zbornicima skupova
|
| |
1. Piškorec, Matija; Šmuc, Tomislav; Šikić, Mile.
Differentiating between Exogenous and Endogenous Information Propagation in Social Networks // Second International Workshop on Data Science.
39-41 (poster,međunarodna recenzija,sažetak).
|
2. Matija Piškorec, Nino Antulov-Fantulin, Iva Miholić, Tomislav Šmuc, Mile Šikić.
Inference of influence in social networks // CompleNet 2017.
2017. (predavanje,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).
|
3. Miculinić, Neven; Ratković, Marko; Šikić, Mile.
MinCall | MinION end2end convolutional deep learning basecaller // 2nd International workshop on deep learning for precision medicine, ECML-PKDD 2017.
2017. 1-8 (predavanje,međunarodna recenzija,znanstveni).
|
4. Šebrek, Tomislav; Tomljanović, Jan; Šikić, Mile.
De Novo Assembly using Semi-Supervised Read Categorization // Second International Workshop on Data Science / Lončarić, Sven ; Šmuc, Tomislav (ur.).
2017. 73-75 (poster,međunarodna recenzija,znanstveni).
|
5. Tomljanović, Jan; Šebrek, Tomislav; Šikić, Mile.
De Novo Assembly using Unsupervised Read Categorization // Second International Workshop on Data Science / Lončarić, Sven ; Šmuc, Tomislav (ur.).
Zagreb, 2017. 69-72 (poster,međunarodna recenzija,znanstveni).
|
6. Vaser, Robert; Šikić, Mile.
Rala - Rapid layout module for de novo genome assembly // ISMB/ECCB 2017.
2017. 1-1 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).
|
7. Vaser, Robert; Šikić, Mile.
Ra – Rapid de novo genome assembler // ISMB/ECCB 2017.
2017. 1-1 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).
|
8. Vaser, Robert; Šikić, Mile.
Algorithms for Layout Phase of De Novo Genome Assembly // Second International Workshop on Data Science.
2017. 86-87 (poster,međunarodna recenzija,znanstveni).
|
9. Novak, Andrej, Racz, Gabriela C.; Sedmak, Goran; Šikić, Mile.
Continuum model of gene expression // Thirteenth International Seminar: Mathematical Models & Modeling in Laser Plasma Processes & Advanced Science Technologies.
2015. 75-75 (predavanje,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).
|
10. Sović, Ivan; Skala, Karolj; Šikić, Mile.
From Short to Long Reads: Benchmarking Assembly Tools // ISMB/ECCB 2013.
2013. 1-1 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).
|
11. Šikić, Mile; Lančić, Alen; Antulov-Fantulin, Nino; Štefančić, Hrvoje.
Epidemic centrality – identifying “superspreaders” in complex networks // Book of Abstracts ECCS'11 Vienna / Thurner, Stefan ; Szell, Michael (ur.).
Beč, Austrija, 2011. 124-125 (poster,sažetak,znanstveni).
|
12. Dokmanić, Ivan; Šikić, Mile; Tomić, Sanja.
Koreliranje oblika površine i hidrofobnosti proteina korištenjem razvoja u kugline funkcije // Book of abstracts, The 2nd Opatija Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Babić, Darko ; Došlić, Nađa ; Smith, David ; Tomić, Sanja ; Vlahoviček, Kristian (ur.).
Zagreb : Ruđer Bošković Institute, 2007. 69-69 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).
|
13. Šikić, Mile; Jeren, Branko; Vlahoviček, Kristian.
Prediction of protein-protein hetero interaction sites from local sequence information using Random Forest // Book of abstracts, The 2nd Opatija Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Babić, Darko ; Došlić, Nađa ; Smith, David ; Tomić, Sanja, Vlahoviček, Kristian (ur.).
Opatija : Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, IRB, 2007. 87-87 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).
| |
|
|
|
| |
Neobjavljena sudjelovanja na skupovima
|
| |
1. Šebrek, Tomislav; Tomljanović, Jan; Krapac, Josip; Šikić, Mile.
Read classification using semi-supervised deep learning // 2nd International workshop on deep learning for precision medicine, ECML-PKDD 2017.
2017. 1-8 (predavanje,međunarodna recenzija,neobjavljeni rad,znanstveni).
|
2. Šikić, Mile.
Big data in the age of genomics // .
2016. (pozvano predavanje,ppt prezentacija).
|
3. Vaser, Robert; Sović, Ivan; Nagarajan, Niranjan; Šikić, Mile.
Racon - Rapid consensus module for raw de novo genome assembly of long uncorrected reads // London calling conference 2016.
2016. (poster,međunarodna recenzija,neobjavljeni rad,znanstveni).
| |
|
|
|
| |
Disertacije
|
| |
1. Šikić, Mile.
Računalna metoda za predviđanje mjesta proteinskih interakcija / doktorska disertacija.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.09. 2008,
123 str. Voditelj: Jeren, Branko.
| |
|
|
|
| |
Magistarski radovi
|
| |
1. Šikić, Mile.
Modeli naplate sadržaja u mobilnim paketskim mrežama / magistarski rad.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 18.09. 2002,
118 str. Voditelj: Kos, Mladen.
| |
|
|
|
| |
Vođenje disertacija, magistarskih i diplomskih radova
|
| |
1. Babojelić, Dario.
Brzo pretraživanje sličnih proteinskih sljedova / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 03.07. 2018,
22 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
2. Baksa, Mirna.
Mobilna aplikacija za prikupljanje podataka o korisničkoj aktivnosti / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 03.07. 2018,
29 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
3. Fureš, Matej.
Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 03.07. 2018,
21 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
4. Jurić, Antonio.
Scaffolding Assembled Genomes with Long Reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 20.09. 2018,
49 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
5. Krpelnik, Ivan.
Scaffolding Assembled Genomes with Long Reads / diplomski rad.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 05.07. 2018,
44 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
6. Miculinić, Neven.
End-to-End Deep Learning Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads / diplomski rad.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 05.07. 2018,
47 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
7. Paulinović, Mate.
Naučene indeksne strukture / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 03.07. 2018,
35 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
8. Šaravanja, Matej.
Sustav za pohranu DNA / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 03.07. 2018,
32 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
9. Selak, Ana Marija.
Hidden Markov Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 02.03. 2018,
20 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
10. Škugor, Luka.
De Novo Metagenome Assembly Using Read Clustering / diplomski rad.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 05.07. 2018,
34 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
11. Sodić, Filip.
Približni algoritam za brzo računanje poravnanja dvaju dugačkih nizova / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 03.07. 2018,
36 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
12. Vršnak, Donik.
Landau-Vishkin-Nussinov algoritam za poravnanje dva niza / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 03.07. 2018,
39 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
13. Žuljević, Petar.
Protein Database Search Using Partial Order Alignment / diplomski rad.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 05.07. 2018,
37 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
14. Baćac, Adriano.
Classification of Large-Scale Biological Annotations Using Word Embeddings Derived from Corpora of Biomedical Research Literature / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 10.7. 2017,
45 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
15. Bradač, Mislav.
Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 04.07. 2017,
27 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
16. Floreani, Filip.
Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 4.7. 2017,
31 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
17. Kutnjak, Mateo.
dna2vec: vektorska reprezentacija k-torki različite duljine / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 4.7. 2017,
31 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
18. Megla, Lucija.
Computing the Error Profiles of Third Generation Sequencing Technologies / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 10.07. 2017,
38 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
19. Ratković, Marko.
Deep Learning Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 10.7. 2017,
48 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
20. Rupe, Marina.
Analiza metagenomskog uzorka dobivenog sekvenciranjem koristeći uređaje treće generacije / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 4.7. 2017,
35 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
21. Šebrek, Tomislav.
Classification of 1D-Signal Types Using Semi- Supervised Deep Learning / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 10.7. 2017,
60 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
22. Tomljanović, Jan.
Identification of 1D-Signal Types Using Unsupervised Deep Learning / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 10.7. 2017,
65 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
23. Jurić, Antonio.
Poravnanje dugačkih RNA očitanja / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016.,
39 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
24. Kostelac, Mario.
De novo assembly using long error-prone reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.2. 2016.,
59 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
25. Krpelnik, Ivan.
Poravnanje RNA očitanja na poznate gene / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016.,
29 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
26. Miholić, Iva.
Detectability of Patient Zero Depending on its Position in the Network / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016.,
92 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
27. Škugor, Luka.
Stablo Bloomovih filtara za spremanje sljedova / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016.,
28 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
28. Sović, Ivan.
ALGORITHMS FOR DE NOVO GENOME ASSEMBLY FROM THIRD GENERATION SEQUENCING DATA / doktorska disertacija.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 04.10. 2016.,
185 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
29. Vujević, Ivan.
Real-Time Analysis of a Metagenomic Sample Obtained by Nanopore Based Sequencing Technology / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016.,
45 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
30. Antulov-Fantulin, Nino.
Statistical inference algorithms for epidemic processes on complex networks / doktorska disertacija.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 7.4. 2015,
107 str. Voditelj: Šikić, Mile ; Šmuc, Tomislav.
|
31. Baćac, Adriano.
Generiranje konsenzusnog slijeda iz grafova djelomicno uređenih višestrukih poravnanja / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.5. 2015,
37 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
32. Čulinović, Marko.
Scaffolding using long error-prone reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6 2015,
44 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
33. Hadviger, Antea.
Poboljšano sufiksno polje / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015,
41 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
34. Humski, Dorija.
A reduced gene database for precision species detection / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015.,
27 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
35. Marić, Josip.
Long Read RNA-seq Mapper / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015,
62 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
36. Megla, Lucija.
REKONSTRUKCIJA FILOGENETSKOG STABLA KORISTEĆI METODU UDRUŽIVANJA SUSJEDA / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.5. 2015,
34 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
37. Pavlović, Dario.
Splice isoform identification from transcript graphs / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015.,
48 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
38. Ratković, Marko.
Alat za poravnanje dugackih očitanja / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.6. 2015,
42 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
39. Šebrek, Tomislav.
Sufiksno stablo / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.5. 2015,
40 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
40. Selak, Ana Marija.
Rekonstrukcija filogenetskog stabla metodom maksimalne uštede uz razgranaj-ograniči optimizaciju / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.5. 2015,
33 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
41. Šterbić, Luka.
EAGLER - Eliminating Assembly Gaps by Long Extending Reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.12. 2015,
57 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
42. Vaser, Robert.
De novo transcriptome assembly / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015.,
43 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
43. Žužić, Goran.
Global sequence alignment tool / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.2. 2015,
30 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
44. Dvorničić, Mirta.
De novo metagenomic assembly using Bayesian model-based clustering / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.7. 2014,
46 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
45. Jerković, Igor.
RNA-seq mapper / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.7. 2014.,
38 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
46. Miholić, Iva.
Information propagation in online social networks / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 12.6. 2014,
39 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
47. Osrečki, Matija.
Otkrivanje preklapajućih DNA očitanja / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.2. 2014,
28 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
48. Rahle, Bruno.
Simplification of the Overlap Graph / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Sveučilište u Zagrebu, 1.7. 2014.,
47 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
49. Šošić, Martin.
An SIMD dynamic programming C/C++ library / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 24.9 2014,
49 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
50. Šošić, Matija.
Identify pathogen organisms from a stream of RNA sequences / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2014,
33 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
51. Vujević, Ivan.
Alat za brzo pretraživanje baza bioloških sljedova / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.6. 2014,
32 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
52. Žuljević, Petar.
Alat za poravnanje genoma / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.6. 2014,
31 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
53. Županović, Vanessa.
Računalne metode za poboljšanje i validaciju sastavljenih genoma / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrorehnike i računarstva, 1.7. 2014,
65 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
54. Blažeka, Dino.
Web sučelje za poravnanje sljedova / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 09.07. 2013.,
48 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
55. Humski, Dorija.
Alternativno spajanje eksona / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.07. 2013.,
30 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
56. Korpar, Matija.
SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 09.07. 2013.,
85 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
57. Kušević, Katarina.
Računalna metoda za računanje proteinskih interakcija / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 09.07. 2013,
53 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
58. Mikulić, Marija.
GPU implementacija vremenski i memorijski učinkovitoga paralelnog algoritma za poravnanje slijedova / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.7. 2013.,
32 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
59. Pavetić, Filip.
Tool for aligning long DNA reads / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 27.09. 2013,
37 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
60. Pavlović, Dario.
Evaluacija metode za ispravljanje pogrešaka kod dugačkih očitanja / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 01.07. 2013,
20 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
61. Šterbić, Luka.
Sastavljanje optičkih mapa: modul za korekciju grafa / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.7. 2013.,
42 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
62. Vaser, Robert.
Evaluacija aplikacija za pretraživanje baze proteinskih sljedova / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 01.07. 2013,
32 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
63. Bulović, Ana.
Program za automatsku analizu protein kodirajućih gena / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 09.07 2012,
59 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
64. Hucaljuk, Josip.
GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.6. 2012.,
43 str. Voditelj: Šikić, MIle.
|
65. Jerković, Igor.
Make Me Move - didaktička računalna igra za učenje strukturne molekularne biologije / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012,
31 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
66. Ogrizek-Tomaš, Mario.
Web aplikacija za usporednu analizu proteinskih paraloga / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 07.07. 2012,
59 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
67. Rahle, Bruno.
SWIG - Poravnanje struktura korištenjem iterativne primjene Smith-Waterman algoritma / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012.,
38 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
68. Rakipović, Alen.
BioMe - web sučelje baze biološki važnih metala / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012.,
34 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
69. Slijepčević, Ivan.
Orthobalancer: aplikacija za kreiranje skupova bioloških vrsta usporedive taksonomske širine / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012,
37 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
70. Šošić, Martin.
Implementacija komprimirane podatkovne strukture za pretraživanje teksta temeljene na FMindeksu / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012.,
41 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
71. Šošić, Matija.
Implementacija FM indeksa / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06 2012,
32 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
72. Županović, Vanessa.
Program za simulaciju pročitanih nizova nukleotida / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 29.06 2012,
41 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
73. Žužić, Goran.
GPU implementacija vremenski učinkovitog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.6. 2012,
27 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
74. Blažeka, Dino.
Pronalaženje epistatskih interakcija pomoću algoritma kolonije mrava / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2011,
27 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
75. Katić, Tihomir.
Optimiranje sigurnosnih pravila vatrozida / magistarski rad.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 13.12. 2011,
123 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
76. Korpar, Matija.
Implementacija Smith Waterman algoritma koristeći grafičke kartice s CUDA arhitekturom / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2011,
31 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
77. Kušević, Katarina.
Implementacija algoritma za računanje proteinskih interakcija / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2011,
30 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
78. Osrečki, Matija.
Adaptivna valićna transformacija ostvarena na CUDA arhitekturi / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06 2011,
36 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
79. Papeš Šokčević, Lidija.
Poboljšani algoritam za izbor i provjeru kvalitete najboljih multivarijacijskih modela odnosa strukture i svojstava molekula / magistarski rad.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 26.10. 2011.,
72 str. Voditelj: Šikić, Mile ; Lučić, Bono.
|
80. Pavetić, Filip.
CUDA implementacija računanja elektrostatske raspodjele naboja / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.6 2011,
28 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
81. Popović, Irena.
Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka / diplomski rad.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 22.04. 2011.,
43 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
82. Sović, Ivan.
Alat za prianjanje proteina: modul za vizualizaciju / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 06.07. 2011.,
89 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
83. Antulov-Fantulin, Nino.
Alat za prianjanje proteina: moduli za rotaciju i vrednovanje rezultata / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehike i računarstva, 06.07. 2010.,
64 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
84. Bilić, Ivan.
Sustav za pristup poslužiteljima u pokretnim mrežama / diplomski rad.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 23.10 2010,
89 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
85. Čanadi, Igor.
Alat za prianjanje proteina: modul za pripremu prianjanja / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 11.07. 2010,
27 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
86. Čolić, Dragana.
Alat za prianjanje proteina: modul za utvrđivanje interakcija / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 06.07. 2010,
52 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
87. Ćurić, Jura.
Analiza sekundarne strukture proteina metodom obrade signala / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 06.07. 2010,
49 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
88. Janjić, Saša.
Predviđanje mjesta sekundarne strukture protein iz slijeda aminokiselinskih ostataka / diplomski rad.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 03. 2010,
68 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
89. Matija Piškorec.
Multiresolution analysis of macromolecular structures / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 6.7. 2010.,
38 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
90. Ogrizek-Tomaš, Mario.
Simulacija utjecaja karantena na smanjenje širenja epidemije / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 16.07. 2010.,
64 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
91. Peretin, Goran.
Baza zastupljenosti metala u proteinima / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 06.07. 2010,
32 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
92. Petrović, Juraj.
Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 03.07. 2010.,
49 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
93. Rakipović, Alen.
Simulacija utjecaja okupljanja zaraženih gripom na širenje epidemije / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 11.07. 2010.,
30 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
94. Tus, Alan.
Baza podataka metala u proteinima / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 07.07. 2010,
33 str. Voditelj: Šikić, Mile.
|
95. Bokšić, Mirna.
Analiza kodirajućih regija u genomu / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 17.07. 2009,
52 str. Voditelj: Seršić, Damir.
|
96. Štimac, Maja.
Klasifikacija kodirajućih regija u genomu / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 17.7. 2009,
37 str. Voditelj: Seršić, Damir.
|
97. Antulov-Fantulin, Nino.
Utjecaj zaraze na svojstva kompleksne mreže / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehike i računarstva, 11.07. 2008,
43 str. Voditelj: Jeren, Branko.
|
98. Matija Piškorec.
Identifikacija ključnih igrača u kompleksnim mrežama blogova / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 11.7. 2008.,
39 str. Voditelj: Jeren, Branko.
|
99. Petrović, Juraj.
Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 03.07. 2008.,
38 str. Voditelj: Jeren, Branko.
|
100. Sović, Ivan.
Vizualizacija makromolekula / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 11.07. 2008.,
49 str. Voditelj: Jeren, Branko.
| |
|
|
|
