Na FER-u postoji više zaposlenika s imenom

    izv. prof. dr. sc. Mile Šikić

    Izvanredni profesor, Zavod za elektroničke sustave i obradbu informacija

      Poglavlja u knjizi
     

    1. Franke, Vedran; Šikić, Mile; Vlahoviček, Kristian.
    Prediction of interacting protein residues using sequence and structure data. // Computational Drug Discovery and Design / Riccardo Baron (ur.).
    New York, Dordrecht, Heidelberg, London : Springer, 2012. Str. 233-251.
     
      Izvorni znanstveni i pregledni radovi u CC časopisima
     

    1. Gebavi, Hrvoje; Ristić, Davor; Baran, Nikola; Mikac, Lara; Mohaček-Grošev, Vlasta; Gotić, Marijan; Šikić, Mile; Ivanda, Mile.
    Horizontal silicon nanowires for surface-enhanced Raman spectroscopy. // Materials Research Express. 5 (2018) , 1; (članak, znanstveni).

    2. Gebavi, Hrvoje; Mikac, Lara; Marciuš, Marijan; Šikić, Mile; Mohaček-Grošev, Vlasta; Janči, Tibor; Vidaček, Sanja; Hasanspahić, Emina; Omanović Miklićanin, Enisa; Ivanda, Mile.
    Silicon Nanowires Substrates Fabrication for Ultra-Sensitive Surface Enhanced Raman Spectroscopy Sensors. // Croatica chemica acta. 90 (2017) , 2; 256-262 (članak, znanstveni).

    3. Križanović, Krešimir; Echchiki, Amina; Roux, Julien; Šikić, Mile.
    Evaluation of tools for long read RNA-seq splice- aware alignment. // Bioinformatics. btx668 (2017) ; (članak, znanstveni).

    4. Šošić, Martin; Šikić, Mile.
    Edlib: a C/C ++ library for fast, exact sequence alignment using edit distance. // Bioinformatics. 33 (2017) , 9; 1394-1395 (članak, znanstveni).

    5. Vaser, Robert; Sović, Ivan; Nagaranjan, Niranjan; Šikić, Mile.
    Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads. // Genome research. 27 (2017) ; 737-746 (članak, znanstveni).

    6. Sović, Ivan; Križanović, Krešimir; Skala, Karolj; Šikić, Mile.
    Evaluation of hybrid and non-hybrid methods for de novo assembly of nanopore reads. // Bioinformatics. 32 (2016) , 17; 2582-2589 (članak, znanstveni).

    7. Sović, Ivan; Šikić, Mile; Wilm Andreas; Fenlon, Shannon Nicole; Chen, Swaine.
    Fast and sensitive mapping of nanopore sequencing reads with GraphMap. // Nature Communications. 7 (2016) ; 11307-1-11307-11 (članak, znanstveni).

    8. Vaser, Robert; Adusumalli, Swarnaseetha; Ngak Leng, Sim; Šikić, Mile; Ng, Pauline C.
    SIFT missense predictions for genomes. // Nature Protocols. 11 (2016) ; 1-9 (članak, znanstveni).

    9. Vaser, Robert; Pavlović, Dario; Šikić, Mile.
    SWORD—a highly efficient protein database search. // Bioinformatics. 32 (2016) , 17; 680-684 (članak, znanstveni).

    10. Antulov-Fantulin, Nino; Lančić, Alen; Šmuc, Tomislav; Štefančić, Hrvoje; Šikić, Mile.
    Identification of Patient Zero in Static and Temporal Networks : Robustness and Limitations. // Physical Review Letters. 114 (2015) ; 248701-1-248701-5 (članak, znanstveni).

    11. Khoo, Aik-Aun; Ogrizek-Tomaš, Mario; Bulović, Ana; Korpar, Matija; Gurler, Ece; Slijepčević, Ivan; Šikić, Mile; Mihalek, Ivana.
    ExoLocator—an online view into genetic makeup of vertebrate proteins. // Nucleic acids research. 42 (2014) , D1; 879-881 (članak, znanstveni).

    12. Antulov-Fantulin, Nino; Lančić, Alen; Štefančić, Hrvoje; Šikić, Mile.
    FastSIR algorithm : A fast algorithm for the simulation of the epidemic spread in large networks by using the susceptible–infected–recovered compartment model. // Information sciences. 239 (2013) ; 226-240 (članak, znanstveni).

    13. Korpar, Matija; Šikić, Mile.
    SW#–GPU-enabled exact alignments on genome scale. // Bioinformatics. 29 (2013) , 19; 2494-2495 (kratko priopćenje, znanstveni).

    14. Šikić, Mile; Lančić, Alen; Antulov-Fantulin, Nino; Štefančić, Hrvoje.
    Epidemic centrality — is there an underestimated epidemic impact of network peripheral nodes?. // European physical journal B : condensed matter physics. 86 (2013) , 10; 440-1-440-13 (članak, znanstveni).

    15. Tus, Alan; Rakipović, Alen; Peretin, Goran; Tomić, Sanja; Šikić, Mile.
    BioMe : biologically relevant metals. // Nucleic acids research. 40 (2012) ; W352-W357 (članak, znanstveni).

    16. Lančić, Alen; Antulov-Fantulin, Nino; Šikić, Mile; Štefančić, Hrvoje.
    Phase diagram of epidemic spreading — unimodal vs. bimodal probability distributions. // Physica. A, Statistical mechanics and its applications. 390 (2011) , 1; 65-76 (članak, znanstveni).

    17. Dokmanić, Ivan; Šikić, Mile; Tomić, Sanja.
    Metals in proteins: correlation between the metal-ion type, coordination number and the amino-acid residues involved in the coordination. // Acta Crystallographica Section D - Biological Crystallography. 64 (2008) , 3; 257-263 (članak, znanstveni).
     
      Znanstveni radovi u drugim časopisima
     

    1. Korpar, Matija; Šošić, Martin; Blažeka, Dino; Šikić, Mile.
    SW#db: GPU-Accelerated Exact Sequence Similarity Database Search. // PLoS One. 10 (2015) , 12; (članak, znanstveni).

    2. Sandhu, Kuljeet Singh; Li, Guoliang; Poh, Huay Mei; Quek, Yu Ling Kelly; Sia, Yee Yen; Peh, Su Qin; Mulawadi, Fabianus Hendriyan; Lim, Joanne; Šikić, Mile; Menghi, Francesca; Thalamuthu, Anbupalam; Sung, Wing Kin; Ruan, Xiaoan; Fullwood, Melissa Jane; Liu, Edison; Csermely, Peter; Ruan, Yijun.
    Large-Scale Functional Organization of Long-Range Chromatin Interaction Networks. // Cell reports. 2 (2012) ; 1-13 (članak, znanstveni).

    3. Šikić, Mile; Tomić, Sanja; Vlahoviček, Kristian.
    Prediction of Protein-Protein Interaction Sites in Sequences and 3D Structures by Random Forests. // Plos computational biology. 5 (2009) , 1; e1000278-1-e1000278-9 (članak, znanstveni).

    4. Mihel, Josip; Šikić, Mile; Tomić, Sanja; Jeren Branko; Vlahoviček, Kristian.
    PSAIA - Protein Structure and Interaction Analyzer. // Bmc structural biology. 8 (2008) ; (članak, znanstveni).
     
      Kongresno priopćenje (sažeci) u ostalim časopisima
     

    1. Križanović, Krešimir; Sović, Ivan; Krpelnik, Ivan; Šikić, Mile.
    RNA Transcriptome Mapping with GraphMap // Bioinformatics Research and Applications 13th International Symposium, ISBRA 2017 / Cai, Zhipeng ; Daescu, Ovidiu ; Li, Min (ur.).
    Springer, 2017. (predavanje,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).
     
      Objavljena pozvana predavanja na skupovima
     

    1. Tomić, Sanja; Brkić, Hrvoje; Grabar Branilović, Marina; Tomić, Antonija; Branimir, Bertoša; Mile, Šikić.
    Proteini i nukleinske kiseline u vremenu i prostoru // Bioinformatics and biological physics: proceedings of the scientific meeting / Paar, Vladimir (ur.).
    Zagreb : Hrvatska akademija znanosti i umjetnosti, 2013. 149-157 (pozvano predavanje,domaća recenzija,objavljeni rad).

    2. Šikić, Mile.
    Mobile content efficiency and business model // Major Cities of Europe IT User's Group, Zagreb 2003.
    2003. (pozvano predavanje,objavljeni rad).
     
      Znanstveni radovi u zbornicima skupova s međunar.rec.
     

    1. Piškorec, Matija; Antulov-Fantulin, Nino; Miholić, Iva; Šmuc, Tomislav; Šikić, Mile.
    Modeling Peer and External Influence in Online Social Networks: Case of 2013 Referendum in Croatia // Complex Networks and Their Applications VI: Proceedings of Complex Networks 2017 (The Sixth International Conference on Complex Networks and Their Applications) / Cherifi, Chantal ; Cherifi, Hocine ; Karsai, Marton ; Musolesi, Mirco (ur.).
    Springer International Publishing, 2017. 1015-1027 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

    2. Ristov, Strahil; Vaser Robert; Šikić Mile.
    Trade-offs in query and target indexing for the selection of candidates in protein homology searches // Proceedings of The Prague Stringology Conference 2017 / Jan Holub and Jan Ždarek (ur.).
    Prag : Czech Technical University in Prague, 2017. 118-125 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

    3. Tomljanović, Jan; Šebrek, Tomislav; Šikić, Mile.
    Unsupervised Learning of Sequencing Read Types // Proceedings of the 2017 International Conference on Computational Biology and Bioinformatics.
    2017. 12-17 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

    4. Križanović, Krešimir; Marinović, Mladen; Bulović, Ana; Vaser, Robert; Šikić, Mile.
    TGTP-DB – a database for extracting genome, transcriptome and proteome data using taxonomy // Proceedings of the 39th International Convention Mipro 2016, Distributed Computing, Visualization and Biomedical Engineering /DC VIS / Biljanović, Petar (ur.).
    Rijeka : Croatian Society for Information and Communication Technology, Electronics and Microelectronics - MIPRO, 2016. 472-476 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

    5. Vaser, Robert; Pavlović, Dario; Šikić, Mile.
    SWORD—a highly efficient protein database search // ECCB 2016: THE 15TH EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY.
    2016. 680-684 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

    6. Antulov-Fantulin, Nino; Lančić, Alen; Štefančić, Hrvoje; Šikić, Mile; Šmuc, Tomislav.
    Statistical Inference Framework for Source Detection of Contagion Processes on Arbitrary Network Structures // Proceedings of 2014 IEEE Eighth International Conference on Self-Adaptive and Self-Organizing Systems Workshops.
    2015. 78-83 (međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

    7. Novak, Andrej; Križanović, Krešimir; Lančić, Alen; Šikić, Mile.
    Some new results on assessment of Q-gram filter efficiency // 9th International Symposium on Image and Signal Processing and Analysis (ISPA) 2015 . proceedings.
    IEEE, 2015. 294-297 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

    8. Pavlović, Dario; Vaser, Robert; Korpar, Matija; Šikić, Mile.
    Protein database search optimization based on CUDA and MPI // .
    (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

    9. Sović, Ivan; Skala, Karolj; Šikić, Mile.
    Approaches to DNA de novo Assembly // Mipro 2013, Proceedings of the 36th International Convention.
    (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

    10. Sović, Ivan; Šikić, Mile; Skala, Karolj.
    Aspects of DNA Assembly Acceleration on Reconfigurable Platforms // PROCEEDINGS IT SYSTEMS 2013 / Žagar, Martin ; Knezović, Josip ; Mlinarić, Hrvoje ; Hofman Daniel, Kovač Mario (ur.).
    Bol, Brač, Hrvatska : University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2013. 289-292 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

    11. Šošić, Matija; Šikić, Mile.
    CUDA implementation of the algorithm for simulating the epidemic spreading over large networks // .
    (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

    12. Sović, Ivan; Antulov-Fantulin, Nino; Čanadi, Igor; Šikić, Mile.
    Parallel Protein Docking Tool // 33rd International Convention on Information and Communication Technology, Electronics and Microelectronics (MIPRO 2010) : Proceedings.
    Opatija, 2010. 1333-1338 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

    13. Stanke, Mladen; Šikić, Mile.
    Comparison of the RADIUS and Diameter Protocols // Information Technology Interfaces, 2008. ITI 2008. 30th International Conference on.
    Dubrovnik, 2008. 893-898 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

    14. Katić, Tihomir; Šikić, Mile; Šikić, Krešimir.
    Protecting and controlling Virtual LANs by Linux router-firewall // Proceedings of the 27th International Conference on Information Technology Interfaces / Lužar - Stiffler, Vesna ; Hljuz Dobrić, Vesna ; Dobrenić, Nataša (ur.).
    Zagreb : SRCE University Computing Centre, University of Zagreb, 2005. 549-554 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

    15. Šikić, Mile.
    Model naplate sadržaja i usluga u mobilnim paketskim mrežama // Computer in telecommunications.
    Zagreb, 2003. 68-73 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
     
      Drugi radovi u zbornicima skupova s recenzijom
     

    1. Šikić, Mile.
    Sigurnost bežičnih LAN-ova // KOM 2003, Komunikacijske tehnologije i norme u informatici / Polonijo, Mislav (ur.).
    Rijeka : CASE d.o.o., 2003. III-41 - III-55 (predavanje,domaća recenzija,objavljeni rad,stručni).
     
      Radovi u zbornicima skupova bez recenzije
     

    1. Šikić, Mile.
    Efikasno upravljanje e-mailom // E-biz 2004 / Mislav Polonijo (ur.).
    Rijeka : CASE, 2004. (predavanje,objavljeni rad,stručni).
     
      Sažeci u zbornicima skupova
     

    1. Piškorec, Matija; Šmuc, Tomislav; Šikić, Mile.
    Differentiating between Exogenous and Endogenous Information Propagation in Social Networks // Second International Workshop on Data Science.
    39-41 (poster,međunarodna recenzija,sažetak).

    2. Matija Piškorec, Nino Antulov-Fantulin, Iva Miholić, Tomislav Šmuc, Mile Šikić.
    Inference of influence in social networks // CompleNet 2017.
    2017. (predavanje,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

    3. Vaser, Robert; Šikić, Mile.
    Rala - Rapid layout module for de novo genome assembly // ISMB/ECCB 2017.
    2017. 1-1 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

    4. Vaser, Robert; Šikić, Mile.
    Ra – Rapid de novo genome assembler // ISMB/ECCB 2017.
    2017. 1-1 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

    5. Novak, Andrej, Racz, Gabriela C.; Sedmak, Goran; Šikić, Mile.
    Continuum model of gene expression // Thirteenth International Seminar: Mathematical Models & Modeling in Laser Plasma Processes & Advanced Science Technologies.
    2015. 75-75 (predavanje,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

    6. Sović, Ivan; Skala, Karolj; Šikić, Mile.
    From Short to Long Reads: Benchmarking Assembly Tools // ISMB/ECCB 2013.
    2013. 1-1 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

    7. Šikić, Mile; Lančić, Alen; Antulov-Fantulin, Nino; Štefančić, Hrvoje.
    Epidemic centrality – identifying “superspreaders” in complex networks // Book of Abstracts ECCS'11 Vienna / Thurner, Stefan ; Szell, Michael (ur.).
    Beč, Austrija, 2011. 124-125 (poster,sažetak,znanstveni).

    8. Dokmanić, Ivan; Šikić, Mile; Tomić, Sanja.
    Koreliranje oblika površine i hidrofobnosti proteina korištenjem razvoja u kugline funkcije // Book of abstracts, The 2nd Opatija Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Babić, Darko ; Došlić, Nađa ; Smith, David ; Tomić, Sanja ; Vlahoviček, Kristian (ur.).
    Zagreb : Ruđer Bošković Institute, 2007. 69-69 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

    9. Šikić, Mile; Jeren, Branko; Vlahoviček, Kristian.
    Prediction of protein-protein hetero interaction sites from local sequence information using Random Forest // Book of abstracts, The 2nd Opatija Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Babić, Darko ; Došlić, Nađa ; Smith, David ; Tomić, Sanja, Vlahoviček, Kristian (ur.).
    Opatija : Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, IRB, 2007. 87-87 (poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).
     
      Neobjavljena sudjelovanja na skupovima
     

    1. Miculinić, Neven; Ratković, Marko; Šikić, Mile.
    MinCall | MinION end2end convolutional deep learning basecaller // 2nd International workshop on deep learning for precision medicine, ECML-PKDD 2017.
    2017. 1-8 (predavanje,međunarodna recenzija,znanstveni).

    2. Šebrek, Tomislav; Tomljanović, Jan; Krapac, Josip; Šikić, Mile.
    Read classification using semi-supervised deep learning // 2nd International workshop on deep learning for precision medicine, ECML-PKDD 2017.
    2017. 1-8 (predavanje,međunarodna recenzija,neobjavljeni rad,znanstveni).

    3. Šebrek, Tomislav; Tomljanović, Jan; Šikić, Mile.
    De Novo Assembly using Semi-Supervised Read Categorization // Second International Workshop on Data Science / Lončarić, Sven ; Šmuc, Tomislav (ur.).
    2017. 73-75 (poster,međunarodna recenzija,znanstveni).

    4. Tomljanović, Jan; Šebrek, Tomislav; Šikić, Mile.
    De Novo Assembly using Unsupervised Read Categorization // Second International Workshop on Data Science / Lončarić, Sven ; Šmuc, Tomislav (ur.).
    Zagreb, 2017. 69-72 (poster,međunarodna recenzija,znanstveni).

    5. Vaser, Robert; Šikić, Mile.
    Algorithms for Layout Phase of De Novo Genome Assembly // Second International Workshop on Data Science.
    2017. 86-87 (poster,međunarodna recenzija,znanstveni).

    6. Šikić, Mile.
    Big data in the age of genomics // .
    2016. (pozvano predavanje,ppt prezentacija).

    7. Vaser, Robert; Sović, Ivan; Nagarajan, Niranjan; Šikić, Mile.
    Racon - Rapid consensus module for raw de novo genome assembly of long uncorrected reads // London calling conference 2016.
    2016. (poster,međunarodna recenzija,neobjavljeni rad,znanstveni).
     
      Disertacije
     

    1. Šikić, Mile.
    Računalna metoda za predviđanje mjesta proteinskih interakcija / doktorska disertacija.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.09. 2008, 123 str. Voditelj: Jeren, Branko.
     
      Magistarski radovi
     

    1. Šikić, Mile.
    Modeli naplate sadržaja u mobilnim paketskim mrežama / magistarski rad.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 18.09. 2002, 118 str. Voditelj: Kos, Mladen.
     
      Vođenje disertacija, magistarskih i diplomskih radova
     

    1. Baćac, Adriano.
    Classification of Large-Scale Biological Annotations Using Word Embeddings Derived from Corpora of Biomedical Research Literature / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 10.7. 2017, 45 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    2. Bradač, Mislav.
    Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 4.7. 2017., 27 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    3. Floreani, Filip.
    Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 4.7. 2017, 31 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    4. Kutnjak, Mateo.
    dna2vec: vektorska reprezentacija k-torki različite duljine / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 4.7. 2017, 31 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    5. Megla, Lucija.
    Computing the Error Profiles of Third Generation Sequencing Technologies / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 10.07. 2017, 38 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    6. Ratković, Marko.
    Deep Learning Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 10.7. 2017, 48 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    7. Rupe, Marina.
    Analiza metagenomskog uzorka dobivenog sekvenciranjem koristeći uređaje treće generacije / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 4.7. 2017, 35 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    8. Šebrek, Tomislav.
    Classification of 1D-Signal Types Using Semi- Supervised Deep Learning / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 10.7. 2017, 60 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    9. Tomljanović, Jan.
    Identification of 1D-Signal Types Using Unsupervised Deep Learning / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 10.7. 2017, 65 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    10. Jurić, Antonio.
    Poravnanje dugačkih RNA očitanja / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016., 39 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    11. Kostelac, Mario.
    De novo assembly using long error-prone reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.2. 2016., 59 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    12. Krpelnik, Ivan.
    Poravnanje RNA očitanja na poznate gene / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016., 29 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    13. Miholić, Iva.
    Detectability of Patient Zero Depending on its Position in the Network / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016., 92 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    14. Škugor, Luka.
    Stablo Bloomovih filtara za spremanje sljedova / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016., 28 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    15. Sović, Ivan.
    ALGORITHMS FOR DE NOVO GENOME ASSEMBLY FROM THIRD GENERATION SEQUENCING DATA / doktorska disertacija.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 04.10. 2016., 185 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    16. Vujević, Ivan.
    Real-Time Analysis of a Metagenomic Sample Obtained by Nanopore Based Sequencing Technology / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016., 45 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    17. Antulov-Fantulin, Nino.
    Statistical inference algorithms for epidemic processes on complex networks / doktorska disertacija.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 7.4. 2015, 107 str. Voditelj: Šikić, Mile ; Šmuc, Tomislav.

    18. Baćac, Adriano.
    Generiranje konsenzusnog slijeda iz grafova djelomicno uređenih višestrukih poravnanja / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.5. 2015, 37 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    19. Čulinović, Marko.
    Scaffolding using long error-prone reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6 2015, 44 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    20. Hadviger, Antea.
    Poboljšano sufiksno polje / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015, 41 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    21. Humski, Dorija.
    A reduced gene database for precision species detection / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015., 27 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    22. Marić, Josip.
    Long Read RNA-seq Mapper / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015, 62 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    23. Megla, Lucija.
    REKONSTRUKCIJA FILOGENETSKOG STABLA KORISTEĆI METODU UDRUŽIVANJA SUSJEDA / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.5. 2015, 34 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    24. Pavlović, Dario.
    Splice isoform identification from transcript graphs / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015., 48 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    25. Ratković, Marko.
    Alat za poravnanje dugackih očitanja / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.6. 2015, 42 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    26. Šebrek, Tomislav.
    Sufiksno stablo / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.5. 2015, 40 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    27. Selak, Ana Marija.
    Rekonstrukcija filogenetskog stabla metodom maksimalne uštede uz razgranaj-ograniči optimizaciju / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.5. 2015, 33 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    28. Šterbić, Luka.
    EAGLER - Eliminating Assembly Gaps by Long Extending Reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.12. 2015, 57 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    29. Vaser, Robert.
    De novo transcriptome assembly / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015., 43 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    30. Žužić, Goran.
    Global sequence alignment tool / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.2. 2015, 30 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    31. Dvorničić, Mirta.
    De novo metagenomic assembly using Bayesian model-based clustering / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.7. 2014, 46 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    32. Jerković, Igor.
    RNA-seq mapper / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.7. 2014., 38 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    33. Miholić, Iva.
    Information propagation in online social networks / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 12.6. 2014, 39 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    34. Osrečki, Matija.
    Otkrivanje preklapajućih DNA očitanja / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.2. 2014, 28 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    35. Rahle, Bruno.
    Simplification of the Overlap Graph / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Sveučilište u Zagrebu, 1.7. 2014., 47 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    36. Šošić, Martin.
    An SIMD dynamic programming C/C++ library / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 24.9 2014, 49 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    37. Šošić, Matija.
    Identify pathogen organisms from a stream of RNA sequences / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2014, 33 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    38. Vujević, Ivan.
    Alat za brzo pretraživanje baza bioloških sljedova / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.6. 2014, 32 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    39. Žuljević, Petar.
    Alat za poravnanje genoma / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.6. 2014, 31 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    40. Županović, Vanessa.
    Računalne metode za poboljšanje i validaciju sastavljenih genoma / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrorehnike i računarstva, 1.7. 2014, 65 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    41. Blažeka, Dino.
    Web sučelje za poravnanje sljedova / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 09.07. 2013., 48 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    42. Humski, Dorija.
    Alternativno spajanje eksona / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.07. 2013., 30 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    43. Korpar, Matija.
    SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 09.07. 2013., 85 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    44. Kušević, Katarina.
    Računalna metoda za računanje proteinskih interakcija / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 09.07. 2013, 53 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    45. Mikulić, Marija.
    GPU implementacija vremenski i memorijski učinkovitoga paralelnog algoritma za poravnanje slijedova / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.7. 2013., 32 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    46. Pavetić, Filip.
    Tool for aligning long DNA reads / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 27.09. 2013, 37 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    47. Pavlović, Dario.
    Evaluacija metode za ispravljanje pogrešaka kod dugačkih očitanja / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 01.07. 2013, 20 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    48. Šterbić, Luka.
    Sastavljanje optičkih mapa: modul za korekciju grafa / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.7. 2013., 42 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    49. Vaser, Robert.
    Evaluacija aplikacija za pretraživanje baze proteinskih sljedova / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 01.07. 2013, 32 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    50. Bulović, Ana.
    Program za automatsku analizu protein kodirajućih gena / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 09.07 2012, 59 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    51. Hucaljuk, Josip.
    GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.6. 2012., 43 str. Voditelj: Šikić, MIle.

    52. Jerković, Igor.
    Make Me Move - didaktička računalna igra za učenje strukturne molekularne biologije / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012, 31 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    53. Ogrizek-Tomaš, Mario.
    Web aplikacija za usporednu analizu proteinskih paraloga / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 07.07. 2012, 59 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    54. Rahle, Bruno.
    SWIG - Poravnanje struktura korištenjem iterativne primjene Smith-Waterman algoritma / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012., 38 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    55. Rakipović, Alen.
    BioMe - web sučelje baze biološki važnih metala / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012., 34 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    56. Slijepčević, Ivan.
    Orthobalancer: aplikacija za kreiranje skupova bioloških vrsta usporedive taksonomske širine / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012, 37 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    57. Šošić, Martin.
    Implementacija komprimirane podatkovne strukture za pretraživanje teksta temeljene na FMindeksu / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012., 41 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    58. Šošić, Matija.
    Implementacija FM indeksa / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06 2012, 32 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    59. Županović, Vanessa.
    Program za simulaciju pročitanih nizova nukleotida / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 29.06 2012, 41 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    60. Žužić, Goran.
    GPU implementacija vremenski učinkovitog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.6. 2012, 27 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    61. Blažeka, Dino.
    Pronalaženje epistatskih interakcija pomoću algoritma kolonije mrava / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2011, 27 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    62. Katić, Tihomir.
    Optimiranje sigurnosnih pravila vatrozida / magistarski rad.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 13.12. 2011, 123 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    63. Korpar, Matija.
    Implementacija Smith Waterman algoritma koristeći grafičke kartice s CUDA arhitekturom / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2011, 31 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    64. Kušević, Katarina.
    Implementacija algoritma za računanje proteinskih interakcija / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2011, 30 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    65. Osrečki, Matija.
    Adaptivna valićna transformacija ostvarena na CUDA arhitekturi / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06 2011, 36 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    66. Papeš Šokčević, Lidija.
    Poboljšani algoritam za izbor i provjeru kvalitete najboljih multivarijacijskih modela odnosa strukture i svojstava molekula / magistarski rad.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 26.10. 2011., 72 str. Voditelj: Šikić, Mile ; Lučić, Bono.

    67. Pavetić, Filip.
    CUDA implementacija računanja elektrostatske raspodjele naboja / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.6 2011, 28 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    68. Popović, Irena.
    Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka / diplomski rad.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 22.04. 2011., 43 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    69. Sović, Ivan.
    Alat za prianjanje proteina: modul za vizualizaciju / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 06.07. 2011., 89 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    70. Antulov-Fantulin, Nino.
    Alat za prianjanje proteina: moduli za rotaciju i vrednovanje rezultata / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehike i računarstva, 06.07. 2010., 64 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    71. Bilić, Ivan.
    Sustav za pristup poslužiteljima u pokretnim mrežama / diplomski rad.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 23.10 2010, 89 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    72. Čanadi, Igor.
    Alat za prianjanje proteina: modul za pripremu prianjanja / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 11.07. 2010, 27 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    73. Čolić, Dragana.
    Alat za prianjanje proteina: modul za utvrđivanje interakcija / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 06.07. 2010, 52 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    74. Ćurić, Jura.
    Analiza sekundarne strukture proteina metodom obrade signala / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 06.07. 2010, 49 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    75. Janjić, Saša.
    Predviđanje mjesta sekundarne strukture protein iz slijeda aminokiselinskih ostataka / diplomski rad.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 03. 2010, 68 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    76. Matija Piškorec.
    Multiresolution analysis of macromolecular structures / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 6.7. 2010., 38 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    77. Ogrizek-Tomaš, Mario.
    Simulacija utjecaja karantena na smanjenje širenja epidemije / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 16.07. 2010., 64 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    78. Peretin, Goran.
    Baza zastupljenosti metala u proteinima / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 06.07. 2010, 32 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    79. Petrović, Juraj.
    Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma / završni rad - diplomski/integralni studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 03.07. 2010., 49 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    80. Rakipović, Alen.
    Simulacija utjecaja okupljanja zaraženih gripom na širenje epidemije / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 11.07. 2010., 30 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    81. Tus, Alan.
    Baza podataka metala u proteinima / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 07.07. 2010, 33 str. Voditelj: Šikić, Mile.

    82. Bokšić, Mirna.
    Analiza kodirajućih regija u genomu / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 17.07. 2009, 52 str. Voditelj: Seršić, Damir.

    83. Štimac, Maja.
    Klasifikacija kodirajućih regija u genomu / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 17.7. 2009, 37 str. Voditelj: Seršić, Damir.

    84. Antulov-Fantulin, Nino.
    Utjecaj zaraze na svojstva kompleksne mreže / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehike i računarstva, 11.07. 2008, 43 str. Voditelj: Jeren, Branko.

    85. Matija Piškorec.
    Identifikacija ključnih igrača u kompleksnim mrežama blogova / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 11.7. 2008., 39 str. Voditelj: Jeren, Branko.

    86. Petrović, Juraj.
    Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 03.07. 2008., 38 str. Voditelj: Jeren, Branko.

    87. Sović, Ivan.
    Vizualizacija makromolekula / završni rad - preddiplomski studij.
    Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 11.07. 2008., 49 str. Voditelj: Jeren, Branko.
     

    Nastava

    Sveučilišni preddiplomski

    Sveučilišni diplomski

    Osobni podaci

    Osobna stranica na Webu:
    Godina diplomiranja:
    1996.
    Godina magistriranja:
    2002.
    Godina doktoriranja:
    2008.
    Na zavodu od:
    1997.