Na FER-u postoji više zaposlenika s imenom



    prof. dr. sc. Mile Šikić

    Vanjski suradnik, Zavod za elektroničke sustave i obradbu informacija

    Facilitating genome structural variation analysis

    Šikić, Mile
    , 2023.
    Nature methods

    Evaluation of RNA Atom Distance Prediction Models

    Šarić, Jelena
    , 2022.

    Combining protein and RNA structures information in developing new scoring functions

    Martinović, Ivona
    , 2022.

    Genome assembly and chemogenomic profiling of National Flower of Singapore Papilionanthe Miss Joaquim ‘Agnes’ reveals metabolic pathways regulating floral traits

    Lim, Abner Herbert ; Low, Zhen Jie ; Shingate, Prashant Narendra ; Jing, Han Hong ; Chong, Shu Chen ; Ng, Cedric Chuan Young ; Liu, Wei ; Vaser, Robert ; Šikić, Mile ; Sung, Wing-Kin Ken ; Nagarajan, Niranjan ; Tan, Patrick ; Tean Teh, Bin
    , 2022.
    Communications biology

    Direct identification of A-to-I editing sites with nanopore native RNA sequencing

    Nguyen, Tram Anh ; Heng, Jia Wei Joel ; Kaewsapsak, Pornchai ; Kok, Eng Piew Louis ; Stanojević, Dominik ; Liu, Hao ; Cardilla, Angelysia ; Praditya, Albert ; Yi, Zirong ; Lin, Mingwan ; Aw, Jong Ghut Ashley ; Ho, Yin Ying ; Peh, Kai Lay Esther ; Wang, Yuanming ; Zhong, Qixing ; Heraud-Farlow, Jacki ; Xue, Shifeng ; Reversade, Bruno ; Walkley, Carl ; Ho, Ying Swan ; Šikić, Mile ; Wan, Yue ; Tan, Meng How
    , 2022.
    Nature methods

    Asian Reference Genome Project

    Šikić, Mile
    , 2022.

    Deep learning model of nanopore sequencing pore

    Penić, Rafael Josip
    , 2021.

    Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma

    Klabučar, Ivan
    , 2021.

    Whole genome comparison of Vibrio harveyi strains from the Mediterranean Sea

    Pavlinec, Željko ; Vaser, Robert ; Zupičić, Ivana Giovanna ; Zrnčić, Snježana ; Oraić, Dražen ; Šikić, Mile
    , 2021.

    Poopćenje algoritma za poravnanje parcijalnog uređaja

    Rašić, Marin
    , 2021.

    Whole genome comparison of Vibrio harveyi strains from the Mediterranean Sea

    Pavlinec, Željko ; Vaser, Robert ; Zupičić, Ivana Giovanna ; Zrnčić, Snježana ; Oraić, Dražen ; Šikić, Mile
    , 2021.

    Time- and memory-efficient genome assembly with Raven

    Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    , 2021.
    Nature computational science

    Rapid overlapping of Single Molecule High-Fidelity Sequencing Data

    Pratljačić, Suzana
    , 2021.

    DNA Nanopore Sequencing Basecaller

    Pavlić, Stanislav
    , 2021.

    Rapid Microbe Detection Using Deep Learning

    Bakić, Sara
    , 2021.

    Detection of Modified Nucleotides Using Nanopore Sequencing and Deep Learning Methods

    Deur, Sanja
    , 2021.

    Deep Learning Model of Nanopore Sequencing Pore

    Penić, Rafael Josip
    , 2021.

    Detection of Modified Nucleotide Clusters in Nanopore Sequenced RNA Reads

    Lipovac, Josipa
    , 2021.

    Brzo poravnanje visoko pouzdanih dugačkih očitanja

    Staver, Mauro
    , 2021.

    De Novo Metagenome Assembly Using Third Generation Sequencing Dana

    Brekalo, Tvrtko
    , 2020.

    Deep learning approach to determining the type of long reads

    Vrček, Lovro ; Huang, Megan Hong Hui ; Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    , 2020.

    De Novo Diploid Assembly Using Third-Generation Sequencing Data

    Yatsukha, Roman
    , 2020.

    Pipeline for Detection Clusters of Modified Nucleotides in Nanopore Sequenced RNA Reads

    Martinović, Ivona
    , 2020.

    Sustav za praćenje ispitanika tijekom pretraživanja Google tražilicom

    Šaravanja, Matej
    , 2020.

    A step towards neural genome assembly

    Vrček, Lovro ; Veličković, Petar ; Šikić, Mile
    , 2020.

    Microbe Detection Using Deep Learning

    Baksa, Mirna
    , 2020.

    Popravljanje djelomično sastavljenoga genoma pomoći Hi-C očitanja

    Wolf, Filip
    , 2020.

    Detecting Base Modifications in DNA Sequences

    Stanojević Dominik ; Šikić Mile
    , 2020.

    Microbe Detection Using Signal Processing and Locality Sensitive Hashing

    Paulinović, Mate
    , 2020.

    Overlapping Single Molecule High-Fidelity Sequencing Data

    Babojelić, Dario
    , 2020.

    Algorithms for de novo assembly of large genomes

    Vaser, Robert
    , 2019.

    Disentangling Sources of Influence in Online Social Networks

    Piškorec, Matija ; Šmuc, Tomislav ; Šikić, Mile
    , 2019.
    IEEE access

    Hybrid metagenomic assembly enables high- resolution analysis of resistance determinants and mobile elements in human microbiomes

    Bertrand, Denis ; Shaw, Jim ; Kalathiyappan, Manesh ; Ng, Amanda Hui Qi ; Kumar, M. Senthil ; Li, Chenhao ; Dvornicic, Mirta ; Soldo, Janja Paliska ; Koh, Jia Yu ; Tong, Chengxuan ; Ng, Oon Tek ; Barkham, Timothy ; Young, Barnaby ; Marimuthu, Kalisvar ; Chng, Kern Rei ; Sikic, Mile ; Nagarajan, Niranjan
    , 2019.
    Nature biotechnology

    Supervised learning approach to long read classification

    Vrček, Lovro ; Šikić, Mile
    , 2019.

    Approaches to metagenomic classification and assembly

    Marić, Josip ; Šikić, Mile
    , 2019.

    Classification of 1D-Signal Types Using Deep Learning

    Floreani, Filip
    , 2019.

    Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima

    Lipovac, Josipa
    , 2019.

    Yet another de novo genome assembler

    Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    , 2019.

    Statistical inference of exogenous and endogenous information propagation in social networks

    Piškorec, Matija
    , 2019.

    Early Screening for Preeclampsia

    Rupe, Marina
    , 2019.

    Mapiranje slijeda na graf

    Batić, Dominik
    , 2019.

    Mapiranje dugačkih očitanja

    Pongračić, Kristijan
    , 2019.

    Mapiranje kratkih očitanja

    Pavlić, Stanislav
    , 2019.

    Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA o čitanja

    Penić, Rafael Josip
    , 2019.

    Using Reference Database for Plasmid Prediction

    Deur, Sanja
    , 2019.

    De novo sastavljanje genoma vođeno referencom

    Bakić, Sara
    , 2019.

    Poliranje DNA slijeda koristeći metode dubokog učenja

    Vrček, Lovro
    , 2019.

    Gornja granica u sastavljanju genoma

    Požega, Luka
    , 2019.

    Klasifikacija očitanja koristeći metode dubokog učenja

    Relić, Borna
    , 2019.

    Horizontal silicon nanowires for surface-enhanced Raman spectroscopy

    Gebavi, Hrvoje ; Ristić, Davor ; Baran, Nikola ; Mikac, Lara ; Mohaček-Grošev, Vlasta ; Gotić, Marijan ; Šikić, Mile ; Ivanda, Mile
    , 2018.
    Materials research express

    Scaffolding Assembled Genomes with Long Reads

    Jurić, Antonio
    , 2018.

    De Novo Metagenome Assembly Using Read Clustering

    Škugor, Luka
    , 2018.

    Protein Database Search Using Partial Order Alignment

    Žuljević, Petar
    , 2018.

    Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja

    Fureš, Matej
    , 2018.

    Naučene indeksne strukture

    Paulinović, Mate
    , 2018.

    Brzo pretraživanje sličnih proteinskih sljedova

    Babojelić, Dario
    , 2018.

    End-to-End Deep Learning Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads

    Miculinić, Neven
    , 2018.

    Scaffolding Assembled Genomes with Long Reads

    Krpelnik, Ivan
    , 2018.

    Sustav za pohranu DNA

    Šaravanja, Matej
    , 2018.

    Mobilna aplikacija za prikupljanje podataka o korisničkoj aktivnosti

    Baksa, Mirna
    , 2018.

    Landau-Vishkin-Nussinov algoritam za poravnanje dva niza

    Vršnak, Donik
    , 2018.

    Hidden Markov Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads

    Selak, Ana Marija
    , 2018.

    Približni algoritam za brzo računanje poravnanja dvaju dugačkih nizova

    Sodić, Filip
    , 2018.

    De Novo Assembly using Semi-Supervised Read Categorization

    Šebrek, Tomislav ; Tomljanović, Jan ; Šikić, Mile
    , 2017.

    Classification of 1D-Signal Types Using Semi- Supervised Deep Learning

    Šebrek, Tomislav
    , 2017.

    Edlib: a C/C ++ library for fast, exact sequence alignment using edit distance

    Šošić, Martin ; Šikić, Mile
    , 2017.
    Bioinformatics

    Read classification using semi-supervised deep learning

    Šebrek, Tomislav ; Tomljanović, Jan ; Krapac, Josip ; Šikić, Mile
    , 2017.

    MinCall | MinION end2end convolutional deep learning basecaller

    Miculinić, Neven ; Ratković, Marko ; Šikić, Mile
    , 2017.

    Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads

    Vaser, Robert ; Sović, Ivan ; Nagaranjan, Niranjan ; Šikić, Mile
    , 2017.
    Genome research

    Silicon Nanowires Substrates Fabrication for Ultra-Sensitive Surface Enhanced Raman Spectroscopy Sensors

    Gebavi, Hrvoje ; Mikac, Lara ; Marciuš, Marijan ; Šikić, Mile ; Mohaček-Grošev, Vlasta ; Janči, Tibor ; Vidaček, Sanja ; Hasanspahić, Emina ; Omanović Miklićanin, Enisa ; Ivanda, Mile
    , 2017.
    Croatica chemica acta

    Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma

    Floreani, Filip
    , 2017.

    dna2vec: vektorska reprezentacija k-torki različite duljine

    Kutnjak, Mateo
    , 2017.

    Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja

    Bradač, Mislav
    , 2017.

    Analiza metagenomskog uzorka dobivenog sekvenciranjem koristeći uređaje treće generacije

    Rupe, Marina
    , 2017.

    Classification of Large-Scale Biological Annotations Using Word Embeddings Derived from Corpora of Biomedical Research Literature

    Baćac, Adriano
    , 2017.

    Computing the Error Profiles of Third Generation Sequencing Technologies

    Megla, Lucija
    , 2017.

    Identification of 1D-Signal Types Using Unsupervised Deep Learning

    Tomljanović, Jan
    , 2017.

    Deep Learning Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads

    Ratković, Marko
    , 2017.

    Inference of influence in social networks

    Matija Piškorec, Nino Antulov-Fantulin, Iva Miholić, Tomislav Šmuc, Mile Šikić
    , 2017.

    Trade-offs in query and target indexing for the selection of candidates in protein homology searches

    Ristov, Strahil ; Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    , 2017.

    Rala - Rapid layout module for de novo genome assembly

    Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    , 2017.

    Ra – Rapid de novo genome assembler

    Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    , 2017.

    De Novo Assembly using Unsupervised Read Categorization

    Tomljanović, Jan ; Šebrek, Tomislav ; Šikić, Mile
    , 2017.

    Algorithms for Layout Phase of De Novo Genome Assembly

    Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    , 2017.

    Unsupervised Learning of Sequencing Read Types

    Tomljanović, Jan ; Šebrek, Tomislav ; Šikić, Mile
    , 2017.

    Differentiating between Exogenous and Endogenous Information Propagation in Social Networks

    Piškorec, Matija ; Šmuc, Tomislav ; Šikić, Mile
    , 2017.

    Modeling Peer and External Influence in Online Social Networks: Case of 2013 Referendum in Croatia

    Piškorec, Matija ; Antulov-Fantulin, Nino ; Miholić, Iva ; Šmuc, Tomislav ; Šikić, Mile
    , 2017.
    Studies in computational intelligence

    SWORD—a highly efficient protein database search

    Vaser, Robert ; Pavlović, Dario ; Šikić, Mile
    , 2016.
    Bioinformatics

    De novo assembly using long error-prone reads

    Kostelac, Mario
    , 2016.

    Fast and sensitive mapping of nanopore sequencing reads with GraphMap

    Sović, Ivan ; Šikić, Mile ; Wilm Andreas ; Fenlon, Shannon Nicole ; Chen, Swaine
    , 2016.
    Nature communications

    SWORD—a highly efficient protein database search

    Vaser, Robert ; Pavlović, Dario ; Šikić, Mile
    , 2016.
    Bioinformatics

    Racon - Rapid consensus module for raw de novo genome assembly of long uncorrected reads

    Vaser, Robert ; Sović, Ivan ; Nagarajan, Niranjan ; Šikić, Mile
    , 2016.

    SIFT missense predictions for genomes

    Vaser, Robert ; Adusumalli, Swarnaseetha ; Ngak Leng, Sim ; Šikić, Mile ; Ng, Pauline C.
    , 2016.
    Nature Protocols

    Big data in the age of genomics

    Šikić, Mile
    , 2016.

    ALGORITHMS FOR DE NOVO GENOME ASSEMBLY FROM THIRD GENERATION SEQUENCING DATA

    Sović, Ivan
    , 2016.

    Detectability of Patient Zero Depending on its Position in the Network

    Miholić, Iva
    , 2016.

    Sufiksno stablo

    Šebrek, Tomislav
    , 2015.

    EAGLER - Eliminating Assembly Gaps by Long Extending Reads

    Šterbić, Luka
    , 2015.

    Scaffolding using long error-prone reads

    Čulinović, Marko
    , 2015.

    De novo transcriptome assembly

    Vaser, Robert
    , 2015.

    Long Read RNA-seq Mapper

    Marić, Josip
    , 2015.

    A reduced gene database for precision species detection

    Humski, Dorija
    , 2015.

    Alat za poravnanje dugackih očitanja

    Ratković, Marko
    , 2015.

    REKONSTRUKCIJA FILOGENETSKOG STABLA KORISTEĆI METODU UDRUŽIVANJA SUSJEDA

    Megla, Lucija
    , 2015.

    Splice isoform identification from transcript graphs

    Pavlović, Dario
    , 2015.

    SW#db: GPU-Accelerated Exact Sequence Similarity Database Search

    Korpar, Matija ; Šošić, Martin ; Blažeka, Dino ; Šikić, Mile
    , 2015.
    PLoS One

    Identification of Patient Zero in Static and Temporal Networks : Robustness and Limitations

    Antulov-Fantulin, Nino ; Lančić, Alen ; Šmuc, Tomislav ; Štefančić, Hrvoje ; Šikić, Mile
    , 2015.
    Physical review letters

    Statistical Inference Framework for Source Detection of Contagion Processes on Arbitrary Network Structures

    Antulov-Fantulin, Nino ; Lančić, Alen ; Štefančić, Hrvoje ; Šikić, Mile ; Šmuc, Tomislav
    , 2015.

    Global sequence alignment tool

    Žužić, Goran
    , 2015.

    Generiranje konsenzusnog slijeda iz grafova djelomicno uređenih višestrukih poravnanja

    Baćac, Adriano
    , 2015.

    Statistical inference algorithms for epidemic processes on complex networks

    Antulov-Fantulin, Nino
    , 2015.

    Rekonstrukcija filogenetskog stabla metodom maksimalne uštede uz razgranaj-ograniči optimizaciju

    Selak, Ana Marija
    , 2015.

    Poboljšano sufiksno polje

    Hadviger, Antea
    , 2015.

    Continuum model of gene expression

    Novak, Andrej, Racz, Gabriela C. ; Sedmak, Goran ; Šikić, Mile
    , 2015.

    Otkrivanje preklapajućih DNA očitanja

    Osrečki, Matija
    , 2014.

    Alat za brzo pretraživanje baza bioloških sljedova

    Vujević, Ivan
    , 2014.

    Identify pathogen organisms from a stream of RNA sequences

    Šošić, Matija
    , 2014.

    Simplification of the Overlap Graph

    Rahle, Bruno
    , 2014.

    Računalne metode za poboljšanje i validaciju sastavljenih genoma

    Županović, Vanessa
    , 2014.

    Information propagation in online social networks

    Miholić, Iva
    , 2014.

    An SIMD dynamic programming C/C++ library

    Šošić, Martin
    , 2014.

    ExoLocator—an online view into genetic makeup of vertebrate proteins

    Khoo, Aik-Aun ; Ogrizek-Tomaš, Mario ; Bulović, Ana ; Korpar, Matija ; Gurler, Ece ; Slijepčević, Ivan ; Šikić, Mile ; Mihalek, Ivana
    , 2014.
    Nucleic acids research

    RNA-seq mapper

    Jerković, Igor
    , 2014.

    De novo metagenomic assembly using Bayesian model-based clustering

    Dvorničić, Mirta
    , 2014.

    Alat za poravnanje genoma

    Žuljević, Petar
    , 2014.

    Evaluacija aplikacija za pretraživanje baze proteinskih sljedova

    Vaser, Robert
    , 2013.

    GPU implementacija vremenski i memorijski učinkovitoga paralelnog algoritma za poravnanje slijedova

    Mikulić, Marija
    , 2013.

    Računalna metoda za računanje proteinskih interakcija

    Kušević, Katarina
    , 2013.

    SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora

    Korpar, Matija
    , 2013.

    Web sučelje za poravnanje sljedova

    Blažeka, Dino
    , 2013.

    Evaluacija metode za ispravljanje pogrešaka kod dugačkih očitanja

    Pavlović, Dario
    , 2013.

    Tool for aligning long DNA reads

    Pavetić, Filip
    , 2013.

    Sastavljanje optičkih mapa: modul za korekciju grafa

    Šterbić, Luka
    , 2013.

    Alternativno spajanje eksona

    Humski, Dorija
    , 2013.

    SW#–GPU-enabled exact alignments on genome scale

    Korpar, Matija ; Šikić, Mile
    , 2013.
    Bioinformatics

    Approaches to DNA de novo Assembly

    Sović, Ivan ; Skala, Karolj ; Šikić, Mile
    , 2013.

    From Short to Long Reads: Benchmarking Assembly Tools

    Sović, Ivan ; Skala, Karolj ; Šikić, Mile
    , 2013.

    Protein database search optimization based on CUDA and MPI

    Pavlović, Dario ; Vaser, Robert ; Korpar, Matija ; Šikić, Mile
    , 2013.

    Proteini i nukleinske kiseline u vremenu i prostoru

    Tomić, Sanja ; Brkić, Hrvoje ; Grabar Branilović, Marina ; Tomić, Antonija ; Branimir, Bertoša ; Mile, Šikić
    , 2013.

    Aspects of DNA Assembly Acceleration on Reconfigurable Platforms

    Sović, Ivan ; Šikić, Mile ; Skala, Karolj
    , 2013.

    Epidemic centrality — is there an underestimated epidemic impact of network peripheral nodes?

    Šikić, Mile ; Lančić, Alen ; Antulov-Fantulin, Nino ; Štefančić, Hrvoje
    , 2013.
    European physical journal B : condensed matter physics

    FastSIR algorithm : A fast algorithm for the simulation of the epidemic spread in large networks by using the susceptible–infected–recovered compartment model

    Antulov-Fantulin, Nino ; Lančić, Alen ; Štefančić, Hrvoje ; Šikić, Mile
    , 2013.
    Information sciences

    Orthobalancer: aplikacija za kreiranje skupova bioloških vrsta usporedive taksonomske širine

    Slijepčević, Ivan
    , 2012.

    Implementacija komprimirane podatkovne strukture za pretraživanje teksta temeljene na FMindeksu

    Šošić, Martin
    , 2012.

    SWIG - Poravnanje struktura korištenjem iterativne primjene Smith-Waterman algoritma

    Rahle, Bruno
    , 2012.

    Program za simulaciju pročitanih nizova nukleotida

    Županović, Vanessa
    , 2012.

    Prediction of interacting protein residues using sequence and structure data.

    Franke, Vedran ; Šikić, Mile ; Vlahoviček, Kristian
    , 2012.

    Large-Scale Functional Organization of Long-Range Chromatin Interaction Networks

    Sandhu, Kuljeet Singh ; Li, Guoliang ; Poh, Huay Mei ; Quek , Yu Ling Kelly ; Sia , Yee Yen ; Peh, Su Qin ; Mulawadi, Fabianus Hendriyan ; Lim , Joanne ; Šikić, Mile ; Menghi, Francesca ; Thalamuthu, Anbupalam ; Sung , Wing Kin ; Ruan, Xiaoan ; Fullwood, Melissa Jane ; Liu, Edison ; Csermely , Peter ; Ruan, Yijun
    , 2012.
    Cell Reports

    Web aplikacija za usporednu analizu proteinskih paraloga

    Ogrizek-Tomaš, Mario
    , 2012.

    Implementacija FM indeksa

    Šošić, Matija
    , 2012.

    Program za automatsku analizu protein kodirajućih gena

    Bulović, Ana
    , 2012.

    GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti

    Hucaljuk, Josip
    , 2012.

    GPU implementacija vremenski učinkovitog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti

    Žužić, Goran
    , 2012.

    CUDA implementation of the algorithm for simulating the epidemic spreading over large networks

    Šošić, Matija ; Šikić, Mile
    , 2012.

    Make Me Move - didaktička računalna igra za učenje strukturne molekularne biologije

    Jerković, Igor
    , 2012.

    BioMe : biologically relevant metals

    Tus, Alan ; Rakipović, Alen ; Peretin, Goran ; Tomić, Sanja ; Šikić, Mile
    , 2012.
    Nucleic acids research

    BioMe - web sučelje baze biološki važnih metala

    Rakipović, Alen
    , 2012.

    Alat za prianjanje proteina: modul za vizualizaciju

    Sović, Ivan
    , 2011.

    Implementacija algoritma za računanje proteinskih interakcija

    Kušević, Katarina
    , 2011.

    Phase diagram of epidemic spreading — unimodal vs. bimodal probability distributions

    Lančić, Alen ; Antulov-Fantulin, Nino ; Šikić, Mile ; Štefančić, Hrvoje
    , 2011.
    Physica. A, Statistical mechanics and its applications

    Epidemic centrality – identifying “superspreaders” in complex networks

    Šikić, Mile ; Lančić, Alen ; Antulov-Fantulin, Nino ; Štefančić, Hrvoje
    , 2011.

    Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka

    Popović, Irena
    , 2011.

    Implementacija Smith Waterman algoritma koristeći grafičke kartice s CUDA arhitekturom

    Korpar, Matija
    , 2011.

    Optimiranje sigurnosnih pravila vatrozida

    Katić, Tihomir
    , 2011.

    Pronalaženje epistatskih interakcija pomoću algoritma kolonije mrava

    Blažeka, Dino
    , 2011.

    CUDA implementacija računanja elektrostatske raspodjele naboja

    Pavetić, Filip
    , 2011.

    Poboljšani algoritam za izbor i provjeru kvalitete najboljih multivarijacijskih modela odnosa strukture i svojstava molekula

    Papeš Šokčević, Lidija
    , 2011.

    Parallel Protein Docking Tool

    Sović, Ivan ; Antulov-Fantulin, Nino ; Čanadi, Igor ; Piškorec, Matija ; Šikić, Mile
    , 2010.

    Alat za prianjanje proteina: modul za pripremu prianjanja

    Čanadi, Igor
    , 2010.

    Simulacija utjecaja karantena na smanjenje širenja epidemije

    Ogrizek-Tomaš, Mario
    , 2010.

    Alat za prianjanje proteina: modul za utvrđivanje interakcija

    Čolić, Dragana
    , 2010.

    Predviđanje mjesta sekundarne strukture protein iz slijeda aminokiselinskih ostataka

    Janjić, Saša
    , 2010.

    Alat za prianjanje proteina: moduli za rotaciju i vrednovanje rezultata

    Antulov-Fantulin, Nino
    , 2010.

    Sustav za pristup poslužiteljima u pokretnim mrežama

    Bilić, Ivan
    , 2010.

    Baza zastupljenosti metala u proteinima

    Peretin, Goran
    , 2010.

    Analiza sekundarne strukture proteina metodom obrade signala

    Ćurić, Jura
    , 2010.

    Baza podataka metala u proteinima

    Tus, Alan
    , 2010.

    Multiresolution analysis of macromolecular structures

    Matija Piškorec
    , 2010.

    Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma

    Petrović, Juraj
    , 2010.

    Simulacija utjecaja okupljanja zaraženih gripom na širenje epidemije

    Rakipović, Alen
    , 2010.

    Prediction of Protein-Protein Interaction Sites in Sequences and 3D Structures by Random Forests

    Šikić, Mile ; Tomić, Sanja ; Vlahoviček, Kristian
    , 2009.
    Plos computational biology

    Klasifikacija kodirajućih regija u genomu

    Štimac, Maja
    , 2009.

    Analiza kodirajućih regija u genomu

    Bokšić, Mirna
    , 2009.

    Računalna metoda za predviđanje mjesta proteinskih interakcija

    Šikić, Mile
    , 2008.

    Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija

    Petrović, Juraj
    , 2008.

    Vizualizacija makromolekula

    Sović, Ivan
    , 2008.

    Utjecaj zaraze na svojstva kompleksne mreže

    Antulov-Fantulin, Nino
    , 2008.

    Comparison of the RADIUS and Diameter Protocols

    Stanke, Mladen ; Šikić, Mile
    , 2008.

    PSAIA - Protein Structure and Interaction Analyzer

    Mihel, Josip ; Šikić, Mile ; Tomić, Sanja ; Jeren Branko ; Vlahoviček, Kristian
    , 2008.
    BMC structural biology

    Identifikacija ključnih igrača u kompleksnim mrežama blogova

    Piškorec, Matija
    , 2008.

    Metals in proteins: correlation between the metal- ion type, coordination number and the amino-acid residues involved in the coordination

    Dokmanić, Ivan ; Šikić, Mile ; Tomić, Sanja
    , 2008.
    Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography

    Prediction of protein-protein hetero interaction sites from local sequence information using Random Forest

    Šikić, Mile ; Jeren, Branko ; Vlahoviček, Kristian
    , 2007.

    Correlating protein surface shape and hydrophobicity using spherical harmonical expansions

    Dokmanić, Ivan ; Šikić, Mile ; Tomić, Sanja
    , 2007.

    Protecting and controlling Virtual LANs by Linux router-firewall

    Katić, Tihomir ; Šikić, Mile ; Šikić, Krešimir
    , 2005.

    Efikasno upravljanje e-mailom

    Šikić, Mile
    , 2004.

    Model naplate sadržaja i usluga u mobilnim paketskim mrežama

    Šikić, Mile
    , 2003.

    Mobile content efficiency and business model

    Šikić, Mile
    , 2003.

    Sigurnost bežičnih LAN-ova

    Šikić, Mile
    , 2003.

    Modeli naplate sadržaja u mobilnim paketskim mrežama

    Šikić, Mile
    , 2002.

    Nastava

    Sveučilišni preddiplomski

    Sveučilišni diplomski

    Poslijediplomski doktorski

    Kompetencije

    • Computational and artificial intelligence
      Artificial intelligence Computation theory
    • Computers and information processing
      Network theory (graphs) DNA computing

    Osobni podaci

    Godina diplomiranja:
    1996.
    Godina magistriranja:
    2002.
    Godina doktoriranja:
    2008.
    Na zavodu od:
    1997.