izv. prof. dr. sc. Mile Šikić

Izvanredni profesor, Zavod za elektroničke sustave i obradbu informacija

  Poglavlja u knjizi
 

1. Franke, Vedran; Šikić, Mile; Vlahoviček, Kristian.
Prediction of interacting protein residues using sequence and structure data. // Computational Drug Discovery and Design / Riccardo Baron (ur.).
New York, Dordrecht, Heidelberg, London : Springer, 2012. Str. 233-251.
spacer.gif
 
  Izvorni znanstveni i pregledni radovi u CC časopisima
 

1. Sović, Ivan; Križanović, Krešimir; Skala, Karolj; Šikić, Mile.
Evaluation of hybrid and non-hybrid methods for de novo assembly of nanopore reads. // Bioinformatics. 32 (2016) , 17; 2582-2589 (članak, znanstveni).

2. Sović, Ivan; Šikić, Mile; Wilm Andreas; Fenlon, Shannon Nicole; Chen, Swaine.
Fast and sensitive mapping of nanopore sequencing reads with GraphMap. // Nature Communications. 7 (2016) ; 11307-1-11307-11 (članak, znanstveni).

3. Vaser, Robert; Adusumalli, Swarnaseetha; Ngak Leng, Sim; Šikić, Mile; Ng, Pauline C.
SIFT missense predictions for genomes. // Nature Protocols. 11 (2016) ; 1-9 (članak, znanstveni).

4. Vaser, Robert; Pavlović, Dario; Šikić, Mile.
SWORD—a highly efficient protein database search. // Bioinformatics. 32 (2016) , 17; 680-684 (članak, znanstveni).

5. Antulov-Fantulin, Nino; Lančić, Alen; Šmuc, Tomislav; Štefančić, Hrvoje; Šikić, Mile.
Identification of Patient Zero in Static and Temporal Networks : Robustness and Limitations. // Physical Review Letters. 114 (2015) ; 248701-1-248701-5 (članak, znanstveni).

6. Khoo, Aik-Aun; Ogrizek-Tomaš, Mario; Bulović, Ana; Korpar, Matija; Gurler, Ece; Slijepčević, Ivan; Šikić, Mile; Mihalek, Ivana.
ExoLocator—an online view into genetic makeup of vertebrate proteins. // Nucleic acids research. 42 (2014) , D1; 879-881 (članak, znanstveni).

7. Antulov-Fantulin, Nino; Lančić, Alen; Štefančić, Hrvoje; Šikić, Mile.
FastSIR algorithm : A fast algorithm for the simulation of the epidemic spread in large networks by using the susceptible–infected–recovered compartment model. // Information sciences. 239 (2013) ; 226-240 (članak, znanstveni).

8. Korpar, Matija; Šikić, Mile.
SW#–GPU-enabled exact alignments on genome scale. // Bioinformatics. 29 (2013) , 19; 2494-2495 (kratko priopćenje, znanstveni).

9. Šikić, Mile; Lančić, Alen; Antulov-Fantulin, Nino; Štefančić, Hrvoje.
Epidemic centrality — is there an underestimated epidemic impact of network peripheral nodes?. // European physical journal B : condensed matter physics. 86 (2013) , 10; 440-1-440-13 (članak, znanstveni).

10. Tus, Alan; Rakipović, Alen; Peretin, Goran; Tomić, Sanja; Šikić, Mile.
BioMe : biologically relevant metals. // Nucleic acids research. 40 (2012) ; W352-W357 (članak, znanstveni).

11. Lančić, Alen; Antulov-Fantulin, Nino; Šikić, Mile; Štefančić, Hrvoje.
Phase diagram of epidemic spreading — unimodal vs. bimodal probability distributions. // Physica. A, Statistical mechanics and its applications. 390 (2011) , 1; 65-76 (članak, znanstveni).

12. Dokmanić, Ivan; Šikić, Mile; Tomić, Sanja.
Metals in proteins: correlation between the metal-ion type, coordination number and the amino-acid residues involved in the coordination. // Acta Crystallographica Section D - Biological Crystallography. 64 (2008) , 3; 257-263 (članak, znanstveni).
spacer.gif
 
  Radovi prihvaćeni za objavljivanje u CC časopisima
 

1. Šošić, Martin; Šikić, Mile.
Edlib: a C/C ++ library for fast, exact sequence alignment using edit distance. // Bioinformatics. (2017) (prihvaćen za objavljivanje).
spacer.gif
 
  Znanstveni radovi u drugim časopisima
 

1. Korpar, Matija; Šošić, Martin; Blažeka, Dino; Šikić, Mile.
SW#db: GPU-Accelerated Exact Sequence Similarity Database Search. // PLoS One. 10 (2015) , 12; (članak, znanstveni).

2. Sandhu, Kuljeet Singh; Li, Guoliang; Poh, Huay Mei; Quek, Yu Ling Kelly; Sia, Yee Yen; Peh, Su Qin; Mulawadi, Fabianus Hendriyan; Lim, Joanne; Šikić, Mile; Menghi, Francesca; Thalamuthu, Anbupalam; Sung, Wing Kin; Ruan, Xiaoan; Fullwood, Melissa Jane; Liu, Edison; Csermely, Peter; Ruan, Yijun.
Large-Scale Functional Organization of Long-Range Chromatin Interaction Networks. // Cell reports. 2 (2012) ; 1-13 (članak, znanstveni).

3. Šikić, Mile; Tomić, Sanja; Vlahoviček, Kristian.
Prediction of Protein-Protein Interaction Sites in Sequences and 3D Structures by Random Forests. // Plos computational biology. 5 (2009) , 1; e1000278-1-e1000278-9 (članak, znanstveni).

4. Mihel, Josip; Šikić, Mile; Tomić, Sanja; Jeren Branko; Vlahoviček, Kristian.
PSAIA - Protein Structure and Interaction Analyzer. // Bmc structural biology. 8 (2008) ; (članak, znanstveni).
spacer.gif
 
  Objavljena pozvana predavanja na skupovima
 

1. Šikić, Mile.
Mobile content efficiency and business model // Major Cities of Europe IT User's Group, Zagreb 2003.
2003. (pozvano predavanje,objavljeni rad).
spacer.gif
 
  Znanstveni radovi u zbornicima skupova s međunar.rec.
 

1. Križanović, Krešimir; Marinović, Mladen; Bulović, Ana; Vaser, Robert; Šikić, Mile.
TGTP-DB – a database for extracting genome, transcriptome and proteome data using taxonomy // Proceedings of the 39th International Convention Mipro 2016, Distributed Computing, Visualization and Biomedical Engineering /DC VIS / Biljanović, Petar (ur.).
Rijeka : Croatian Society for Information and Communication Technology, Electronics and Microelectronics - MIPRO, 2016. 472-476 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

2. Antulov-Fantulin, Nino; Lančić, Alen; Štefančić, Hrvoje; Šikić, Mile; Šmuc, Tomislav.
Statistical Inference Framework for Source Detection of Contagion Processes on Arbitrary Network Structures // Proceedings of 2014 IEEE Eighth International Conference on Self-Adaptive and Self-Organizing Systems Workshops.
2015. 78-83 (međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

3. Novak, Andrej; Križanović, Krešimir; Lančić, Alen; Šikić, Mile.
Some new results on assessment of Q-gram filter efficiency // 9th International Symposium on Image and Signal Processing and Analysis (ISPA) 2015 . proceedings.
IEEE, 2015. 294-297 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

4. Pavlović, Dario; Vaser, Robert; Korpar, Matija; Šikić, Mile.
Protein database search optimization based on CUDA and MPI // .
(predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

5. Sović, Ivan; Skala, Karolj; Šikić, Mile.
Approaches to DNA de novo Assembly // Mipro 2013, Proceedings of the 36th International Convention.
(predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

6. Sović, Ivan; Šikić, Mile; Skala, Karolj.
Aspects of DNA Assembly Acceleration on Reconfigurable Platforms // PROCEEDINGS IT SYSTEMS 2013 / Žagar, Martin ; Knezović, Josip ; Mlinarić, Hrvoje ; Hofman Daniel, Kovač Mario (ur.).
Bol, Brač, Hrvatska : University of Zagreb, Faculty of Electrical Engineering and Computing, 2013. 289-292 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

7. Šošić, Matija; Šikić, Mile.
CUDA implementation of the algorithm for simulating the epidemic spreading over large networks // .
(predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

8. Sović, Ivan; Antulov-Fantulin, Nino; Čanadi, Igor; Šikić, Mile.
Parallel Protein Docking Tool // 33rd International Convention on Information and Communication Technology, Electronics and Microelectronics (MIPRO 2010) : Proceedings.
Opatija, 2010. 1333-1338 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

9. Stanke, Mladen; Šikić, Mile.
Comparison of the RADIUS and Diameter Protocols // Information Technology Interfaces, 2008. ITI 2008. 30th International Conference on.
Dubrovnik, 2008. 893-898 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).

10. Katić, Tihomir; Šikić, Mile; Šikić, Krešimir.
Protecting and controlling Virtual LANs by Linux router-firewall // Proceedings of the 27th International Conference on Information Technology Interfaces / Lužar - Stiffler, Vesna ; Hljuz Dobrić, Vesna ; Dobrenić, Nataša (ur.).
Zagreb : SRCE University Computing Centre, University of Zagreb, 2005. 549-554 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,znanstveni).
spacer.gif
 
  Drugi radovi u zbornicima skupova s recenzijom
 

1. Šikić, Mile.
Model naplate sadržaja i usluga u mobilnim paketskim mrežama // Computer in telecommunications.
Zagreb, 2003. 68-73 (predavanje,međunarodna recenzija,objavljeni rad,stručni).

2. Šikić, Mile.
Sigurnost bežičnih LAN-ova // KOM 2003, Komunikacijske tehnologije i norme u informatici / Polonijo, Mislav (ur.).
Rijeka : CASE d.o.o., 2003. III-41 - III-55 (predavanje,domaća recenzija,objavljeni rad,stručni).
spacer.gif
 
  Radovi u zbornicima skupova bez recenzije
 

1. Šikić, Mile.
Efikasno upravljanje e-mailom // E-biz 2004 / Mislav Polonijo (ur.).
Rijeka : CASE, 2004. (predavanje,objavljeni rad,stručni).
spacer.gif
 
  Sažeci u zbornicima skupova
 

1. Novak, Andrej, Racz, Gabriela C.; Sedmak, Goran; Šikić, Mile.
Continuum model of gene expression // Thirteenth International Seminar: Mathematical Models & Modeling in Laser Plasma Processes & Advanced Science Technologies.
2015. 75-75 (predavanje,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

2. Sović, Ivan; Skala, Karolj; Šikić, Mile.
From Short to Long Reads: Benchmarking Assembly Tools // ISMB/ECCB 2013.
(poster,međunarodna recenzija,sažetak,znanstveni).

3. Šikić, Mile; Lančić, Alen; Antulov-Fantulin, Nino; Štefančić, Hrvoje.
Epidemic centrality – identifying “superspreaders” in complex networks // Book of Abstracts ECCS'11 Vienna / Thurner, Stefan ; Szell, Michael (ur.).
Beč, Austrija, 2011. 124-125 (poster,sažetak,znanstveni).

4. Dokmanić, Ivan; Šikić, Mile; Tomić, Sanja.
Koreliranje oblika površine i hidrofobnosti proteina korištenjem razvoja u kugline funkcije // Book of abstracts, The 2nd Opatija Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Babić, Darko ; Došlić, Nađa ; Smith, David ; Tomić, Sanja ; Vlahoviček, Kristian (ur.).
Zagreb : Ruđer Bošković Institute, 2007. 69-69 (poster,sažetak,znanstveni).

5. Šikić, Mile; Jeren, Branko; Vlahoviček, Kristian.
Prediction of protein-protein hetero interaction sites from local sequence information using Random Forest // Book of abstracts, The 2nd Opatija Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Babić, Darko ; Došlić, Nađa ; Smith, David ; Tomić, Sanja, Vlahoviček, Kristian (ur.).
Opatija : Centre for Computational Solutions in the Life Sciences, IRB, 2007. 87 (poster,sažetak,znanstveni).
spacer.gif
 
  Neobjavljena sudjelovanja na skupovima
 

1. Šikić, Mile.
Big data in the age of genomics // .
(pozvano predavanje,ppt prezentacija).
spacer.gif
 
  Disertacije
 

1. Šikić, Mile.
Računalna metoda za predviđanje mjesta proteinskih interakcija / doktorska disertacija.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.09. 2008, 123 str. Voditelj: Jeren, Branko.
spacer.gif
 
  Magistarski radovi
 

1. Šikić, Mile.
Modeli naplate sadržaja u mobilnim paketskim mrežama / magistarski rad.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 18.09. 2002, 118 str. Voditelj: Kos, Mladen.
spacer.gif
 
  Vođenje disertacija, magistarskih i diplomskih radova
 

1. Jurić, Antonio.
Poravnanje dugačkih RNA očitanja / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016., 39 str. Voditelj: Šikić, Mile.

2. Kostelac, Mario.
De novo assembly using long error-prone reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.2. 2016., 59 str. Voditelj: Šikić, Mile.

3. Krpelnik, Ivan.
Poravnanje RNA očitanja na poznate gene / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016., 29 str. Voditelj: Šikić, Mile.

4. Miholić, Iva.
Detectability of Patient Zero Depending on its Position in the Network / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016., 92 str. Voditelj: Šikić, Mile.

5. Škugor, Luka.
Stablo Bloomovih filtara za spremanje sljedova / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016., 28 str. Voditelj: Šikić, Mile.

6. Sović, Ivan.
ALGORITHMS FOR DE NOVO GENOME ASSEMBLY FROM THIRD GENERATION SEQUENCING DATA / doktorska disertacija.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.10. 2016., 185 str. Voditelj: Šikić, Mile.

7. Vujević, Ivan.
Real-Time Analysis of a Metagenomic Sample Obtained by Nanopore Based Sequencing Technology / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.7. 2016., 45 str. Voditelj: Šikić, Mile.

8. Antulov-Fantulin, Nino.
Statistical inference algorithms for epidemic processes on complex networks / doktorska disertacija.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 7.4. 2015, 107 str. Voditelj: Šikić, Mile ; Šmuc, Tomislav.

9. Baćac, Adriano.
Generiranje konsenzusnog slijeda iz grafova djelomicno uređenih višestrukih poravnanja / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.5. 2015, 37 str. Voditelj: Šikić, Mile.

10. Čulinović, Marko.
Scaffolding using long error-prone reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6 2015, 44 str. Voditelj: Šikić, Mile.

11. Hadviger, Antea.
Poboljšano sufiksno polje / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015, 41 str. Voditelj: Šikić, Mile.

12. Humski, Dorija.
A reduced gene database for precision species detection / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015., 27 str. Voditelj: Šikić, Mile.

13. Marić, Josip.
Long Read RNA-seq Mapper / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015, 62 str. Voditelj: Šikić, Mile.

14. Megla, Lucija.
REKONSTRUKCIJA FILOGENETSKOG STABLA KORISTEĆI METODU UDRUŽIVANJA SUSJEDA / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.5. 2015, 34 str. Voditelj: Šikić, Mile.

15. Pavlović, Dario.
Splice isoform identification from transcript graphs / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015., 48 str. Voditelj: Šikić, Mile.

16. Ratković, Marko.
Alat za poravnanje dugackih očitanja / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.6. 2015, 42 str. Voditelj: Šikić, Mile.

17. Šebrek, Tomislav.
Sufiksno stablo / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.5. 2015, 40 str. Voditelj: Šikić, Mile.

18. Selak, Ana Marija.
Rekonstrukcija filogenetskog stabla metodom maksimalne uštede uz razgranaj-ograniči optimizaciju / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2.5. 2015, 33 str. Voditelj: Šikić, Mile.

19. Šterbić, Luka.
EAGLER - Eliminating Assembly Gaps by Long Extending Reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.12. 2015, 57 str. Voditelj: Šikić, Mile.

20. Vaser, Robert.
De novo transcriptome assembly / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 3.6. 2015., 43 str. Voditelj: Šikić, Mile.

21. Žužić, Goran.
Global sequence alignment tool / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 5.2. 2015, 30 str. Voditelj: Šikić, Mile.

22. Dvorničić, Mirta.
De novo metagenomic assembly using Bayesian model-based clustering / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.7. 2014, 46 str. Voditelj: Šikić, Mile.

23. Jerković, Igor.
RNA-seq mapper / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.7. 2014., 38 str. Voditelj: Šikić, Mile.

24. Miholić, Iva.
Information propagation in online social networks / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 12.6. 2014, 39 str. Voditelj: Šikić, Mile.

25. Osrečki, Matija.
Otkrivanje preklapajućih DNA očitanja / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.2. 2014, 28 str. Voditelj: Šikić, Mile.

26. Rahle, Bruno.
Simplification of the Overlap Graph / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Sveučilište u Zagrebu, 1.7. 2014., 47 str. Voditelj: Šikić, Mile.

27. Šošić, Martin.
An SIMD dynamic programming C/C++ library / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 24.9 2014, 49 str. Voditelj: Šikić, Mile.

28. Šošić, Matija.
Identify pathogen organisms from a stream of RNA sequences / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2014, 33 str. Voditelj: Šikić, Mile.

29. Vujević, Ivan.
Alat za brzo pretraživanje baza bioloških sljedova / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.6. 2014, 32 str. Voditelj: Šikić, Mile.

30. Žuljević, Petar.
Alat za poravnanje genoma / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.6. 2014, 31 str. Voditelj: Šikić, Mile.

31. Županović, Vanessa.
Računalne metode za poboljšanje i validaciju sastavljenih genoma / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrorehnike i računarstva, 1.7. 2014, 65 str. Voditelj: Šikić, Mile.

32. Blažeka, Dino.
Web sučelje za poravnanje sljedova / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 09.07. 2013., 48 str. Voditelj: Šikić, Mile.

33. Humski, Dorija.
Alternativno spajanje eksona / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.07. 2013., 30 str. Voditelj: Šikić, Mile.

34. Korpar, Matija.
SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 09.07. 2013., 85 str. Voditelj: Šikić, Mile.

35. Kušević, Katarina.
Računalna metoda za računanje proteinskih interakcija / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 09.07. 2013, 53 str. Voditelj: Šikić, Mile.

36. Mikulić, Marija.
GPU implementacija vremenski i memorijski učinkovitoga paralelnog algoritma za poravnanje slijedova / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.7. 2013., 32 str. Voditelj: Šikić, Mile.

37. Pavetić, Filip.
Tool for aligning long DNA reads / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 27.09. 2013, 37 str. Voditelj: Šikić, Mile.

38. Pavlović, Dario.
Evaluacija metode za ispravljanje pogrešaka kod dugačkih očitanja / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 01.07. 2013, 20 str. Voditelj: Šikić, Mile.

39. Šterbić, Luka.
Sastavljanje optičkih mapa: modul za korekciju grafa / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 1.7. 2013., 42 str. Voditelj: Šikić, Mile.

40. Vaser, Robert.
Evaluacija aplikacija za pretraživanje baze proteinskih sljedova / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 01.07. 2013, 32 str. Voditelj: Šikić, Mile.

41. Bulović, Ana.
Program za automatsku analizu protein kodirajućih gena / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 09.07 2012, 59 str. Voditelj: Šikić, Mile.

42. Hucaljuk, Josip.
GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.6. 2012., 43 str. Voditelj: Šikić, MIle.

43. Jerković, Igor.
Make Me Move - didaktička računalna igra za učenje strukturne molekularne biologije / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012, 31 str. Voditelj: Šikić, Mile.

44. Ogrizek-Tomaš, Mario.
Web aplikacija za usporednu analizu proteinskih paraloga / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 07.07. 2012, 59 str. Voditelj: Šikić, Mile.

45. Rahle, Bruno.
SWIG - Poravnanje struktura korištenjem iterativne primjene Smith-Waterman algoritma / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012., 38 str. Voditelj: Šikić, Mile.

46. Rakipović, Alen.
BioMe - web sučelje baze biološki važnih metala / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012., 34 str. Voditelj: Šikić, Mile.

47. Slijepčević, Ivan.
Orthobalancer: aplikacija za kreiranje skupova bioloških vrsta usporedive taksonomske širine / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012, 37 str. Voditelj: Šikić, Mile.

48. Šošić, Martin.
Implementacija komprimirane podatkovne strukture za pretraživanje teksta temeljene na FMindeksu / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2012., 41 str. Voditelj: Šikić, Mile.

49. Šošić, Matija.
Implementacija FM indeksa / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06 2012, 32 str. Voditelj: Šikić, Mile.

50. Županović, Vanessa.
Program za simulaciju pročitanih nizova nukleotida / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i Računarstva, 29.06 2012, 41 str. Voditelj: Šikić, Mile.

51. Žužić, Goran.
GPU implementacija vremenski učinkovitog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.6. 2012, 27 str. Voditelj: Šikić, Mile.

52. Blažeka, Dino.
Pronalaženje epistatskih interakcija pomoću algoritma kolonije mrava / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2011., 27 str. Voditelj: Šikić, Mile.

53. Katić, Tihomir.
Optimiranje sigurnosnih pravila vatrozida / magistarski rad.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 13.12. 2011, 123 str. Voditelj: Šikić, Mile.

54. Korpar, Matija.
Implementacija Smith Waterman algoritma koristeći grafičke kartice s CUDA arhitekturom / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2011, 31 str. Voditelj: Šikić, Mile.

55. Kušević, Katarina.
Implementacija algoritma za računanje proteinskih interakcija / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06. 2011, 30 str. Voditelj: Šikić, Mile.

56. Osrečki, Matija.
Adaptivna valićna transformacija ostvarena na CUDA arhitekturi / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.06 2011, 36 str. Voditelj: Šikić, Mile.

57. Papeš Šokčević, Lidija.
Poboljšani algoritam za izbor i provjeru kvalitete najboljih multivarijacijskih modela odnosa strukture i svojstava molekula / magistarski rad.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 26.10. 2011., 72 str. Voditelj: Šikić, Mile ; Lučić, Bono.

58. Pavetić, Filip.
CUDA implementacija računanja elektrostatske raspodjele naboja / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 29.6 2011, 28 str. Voditelj: Šikić, Mile.

59. Popović, Irena.
Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka / diplomski rad.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 22.04. 2011., 43 str. Voditelj: Šikić, Mile.

60. Sović, Ivan.
Alat za prianjanje proteina: modul za vizualizaciju / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 06.07. 2011., 89 str. Voditelj: Šikić, Mile.

61. Antulov-Fantulin, Nino.
Alat za prianjanje proteina: moduli za rotaciju i vrednovanje rezultata / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehike i računarstva, 06.07. 2010., 64 str. Voditelj: Šikić, Mile.

62. Bilić, Ivan.
Sustav za pristup poslužiteljima u pokretnim mrežama / diplomski rad.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 23.10 2010, 89 str. Voditelj: Šikić, Mile.

63. Čanadi, Igor.
Alat za prianjanje proteina: modul za pripremu prianjanja / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 11.07. 2010, 27 str. Voditelj: Šikić, Mile.

64. Čolić, Dragana.
Alat za prianjanje proteina: modul za utvrđivanje interakcija / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 06.07. 2010, 52 str. Voditelj: Šikić, Mile.

65. Ćurić, Jura.
Analiza sekundarne strukture proteina metodom obrade signala / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 06.07. 2010, 49 str. Voditelj: Šikić, Mile.

66. Janjić, Saša.
Predviđanje mjesta sekundarne strukture protein iz slijeda aminokiselinskih ostataka / diplomski rad.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 03. 2010, 68 str. Voditelj: Šikić, Mile.

67. Matija Piškorec.
Multiresolution analysis of macromolecular structures / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 6.7. 2010., 38 str. Voditelj: Šikić, Mile.

68. Ogrizek-Tomaš, Mario.
Simulacija utjecaja karantena na smanjenje širenja epidemije / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 16.07. 2010., 64 str. Voditelj: Šikić, Mile.

69. Peretin, Goran.
Baza zastupljenosti metala u proteinima / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet Elektrotehnike i računarstva, 06.07. 2010, 32 str. Voditelj: Šikić, Mile.

70. Petrović, Juraj.
Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 03.07. 2010., 49 str. Voditelj: Šikić, Mile.

71. Rakipović, Alen.
Simulacija utjecaja okupljanja zaraženih gripom na širenje epidemije / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 11.07. 2010., 30 str. Voditelj: Šikić, Mile.

72. Tus, Alan.
Baza podataka metala u proteinima / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 07.07. 2010, 33 str. Voditelj: Šikić, Mile.

73. Tus, Alan.
Baza podataka metala u proteinima / završni rad - diplomski/integralni studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 07.07. 2010, 35 str. Voditelj: Šikić, Mile.

74. Bokšić, Mirna.
Analiza kodirajućih regija u genomu / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 17.07. 2009, 52 str. Voditelj: Seršić, Damir.

75. Štimac, Maja.
Klasifikacija kodirajućih regija u genomu / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 17.7. 2009, 37 str. Voditelj: Seršić, Damir.

76. Antulov-Fantulin, Nino.
Utjecaj zaraze na svojstva kompleksne mreže / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehike i računarstva, 11.07. 2008, 43 str. Voditelj: Jeren, Branko.

77. Matija Piškorec.
Identifikacija ključnih igrača u kompleksnim mrežama blogova / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 11.7. 2008., 39 str. Voditelj: Jeren, Branko.

78. Petrović, Juraj.
Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 03.07. 2008., 38 str. Voditelj: Jeren, Branko.

79. Sović, Ivan.
Vizualizacija makromolekula / završni rad - preddiplomski studij.
Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, 11.07. 2008., 49 str. Voditelj: Jeren, Branko.
spacer.gif
 

Nastava

Sveučilišni preddiplomski

Sveučilišni diplomski

Osobni podaci

Osobna stranica na Webu:
Godina diplomiranja:
1996.
Godina magistriranja:
2002.
Godina doktoriranja:
2008.
Na zavodu od:
1997.