izv. prof. dr. sc. Mile Šikić

Izvanredni profesor, Zavod za elektroničke sustave i obradbu informacija

  Poglavlja u knjizi
 
Prediction of interacting protein residues using sequence and structure data. // Computational Drug Discovery and Design / Riccardo Baron (ur.).
 
  Izvorni znanstveni i pregledni radovi u CC časopisima
 
Edlib: a C/C ++ library for fast, exact sequence alignment using edit distance. // Bioinformatics. 9 (2017) ; 1394-1395 (članak, znanstveni).
Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads. // Genome research. 27 (2017) ; 737-746 (članak, znanstveni).
Evaluation of hybrid and non-hybrid methods for de novo assembly of nanopore reads. // Bioinformatics. 32 (2016) , 17; 2582-2589 (članak, znanstveni).
Fast and sensitive mapping of nanopore sequencing reads with GraphMap. // Nature Communications. 7 (2016) ; 11307-1-11307-11 (članak, znanstveni).
SIFT missense predictions for genomes. // Nature Protocols. 11 (2016) ; 1-9 (članak, znanstveni).
SWORD—a highly efficient protein database search. // Bioinformatics. 32 (2016) , 17; 680-684 (članak, znanstveni).
Identification of Patient Zero in Static and Temporal Networks : Robustness and Limitations. // Physical Review Letters. 114 (2015) ; 248701-1-248701-5 (članak, znanstveni).
ExoLocator—an online view into genetic makeup of vertebrate proteins. // Nucleic acids research. 42 (2014) , D1; 879-881 (članak, znanstveni).
FastSIR algorithm : A fast algorithm for the simulation of the epidemic spread in large networks by using the susceptible–infected–recovered compartment model. // Information sciences. 239 (2013) ; 226-240 (članak, znanstveni).
SW#–GPU-enabled exact alignments on genome scale. // Bioinformatics. 29 (2013) , 19; 2494-2495 (kratko priopćenje, znanstveni).
Epidemic centrality — is there an underestimated epidemic impact of network peripheral nodes?. // European physical journal B : condensed matter physics. 86 (2013) , 10; 440-1-440-13 (članak, znanstveni).
BioMe : biologically relevant metals. // Nucleic acids research. 40 (2012) ; W352-W357 (članak, znanstveni).
Phase diagram of epidemic spreading — unimodal vs. bimodal probability distributions. // Physica. A, Statistical mechanics and its applications. 390 (2011) , 1; 65-76 (članak, znanstveni).
Metals in proteins: correlation between the metal-ion type, coordination number and the amino-acid residues involved in the coordination. // Acta Crystallographica Section D - Biological Crystallography. 64 (2008) , 3; 257-263 (članak, znanstveni).
 
  Znanstveni radovi u drugim časopisima
 
SW#db: GPU-Accelerated Exact Sequence Similarity Database Search. // PLoS One. 10 (2015) , 12; (članak, znanstveni).
Large-Scale Functional Organization of Long-Range Chromatin Interaction Networks. // Cell reports. 2 (2012) ; 1-13 (članak, znanstveni).
Prediction of Protein-Protein Interaction Sites in Sequences and 3D Structures by Random Forests. // Plos computational biology. 5 (2009) , 1; e1000278-1-e1000278-9 (članak, znanstveni).
PSAIA - Protein Structure and Interaction Analyzer. // Bmc structural biology. 8 (2008) ; (članak, znanstveni).
 
  Kongresno priopćenje (sažeci) u ostalim časopisima
 
RNA Transcriptome Mapping with GraphMap // Bioinformatics Research and Applications 13th International Symposium, ISBRA 2017 / Cai, Zhipeng ; Daescu, Ovidiu ; Li, Min (ur.).
 
  Objavljena pozvana predavanja na skupovima
 
Mobile content efficiency and business model // Major Cities of Europe IT User's Group, Zagreb 2003.
 
  Znanstveni radovi u zbornicima skupova s međunar.rec.
 
TGTP-DB – a database for extracting genome, transcriptome and proteome data using taxonomy // Proceedings of the 39th International Convention Mipro 2016, Distributed Computing, Visualization and Biomedical Engineering /DC VIS / Biljanović, Petar (ur.).
SWORD—a highly efficient protein database search // ECCB 2016: THE 15TH EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY.
Statistical Inference Framework for Source Detection of Contagion Processes on Arbitrary Network Structures // Proceedings of 2014 IEEE Eighth International Conference on Self-Adaptive and Self-Organizing Systems Workshops.
Some new results on assessment of Q-gram filter efficiency // 9th International Symposium on Image and Signal Processing and Analysis (ISPA) 2015 . proceedings.
Protein database search optimization based on CUDA and MPI // .
Approaches to DNA de novo Assembly // Mipro 2013, Proceedings of the 36th International Convention.
Aspects of DNA Assembly Acceleration on Reconfigurable Platforms // PROCEEDINGS IT SYSTEMS 2013 / Žagar, Martin ; Knezović, Josip ; Mlinarić, Hrvoje ; Hofman Daniel, Kovač Mario (ur.).
CUDA implementation of the algorithm for simulating the epidemic spreading over large networks // .
Parallel Protein Docking Tool // 33rd International Convention on Information and Communication Technology, Electronics and Microelectronics (MIPRO 2010) : Proceedings.
Comparison of the RADIUS and Diameter Protocols // Information Technology Interfaces, 2008. ITI 2008. 30th International Conference on.
Protecting and controlling Virtual LANs by Linux router-firewall // Proceedings of the 27th International Conference on Information Technology Interfaces / Lužar - Stiffler, Vesna ; Hljuz Dobrić, Vesna ; Dobrenić, Nataša (ur.).
 
  Drugi radovi u zbornicima skupova s recenzijom
 
Model naplate sadržaja i usluga u mobilnim paketskim mrežama // Computer in telecommunications.
Sigurnost bežičnih LAN-ova // KOM 2003, Komunikacijske tehnologije i norme u informatici / Polonijo, Mislav (ur.).
 
  Radovi u zbornicima skupova bez recenzije
 
Efikasno upravljanje e-mailom // E-biz 2004 / Mislav Polonijo (ur.).
 
  Sažeci u zbornicima skupova
 
Inference of influence in social networks // .
Continuum model of gene expression // Thirteenth International Seminar: Mathematical Models & Modeling in Laser Plasma Processes & Advanced Science Technologies.
From Short to Long Reads: Benchmarking Assembly Tools // ISMB/ECCB 2013.
Epidemic centrality – identifying “superspreaders” in complex networks // Book of Abstracts ECCS'11 Vienna / Thurner, Stefan ; Szell, Michael (ur.).
Koreliranje oblika površine i hidrofobnosti proteina korištenjem razvoja u kugline funkcije // Book of abstracts, The 2nd Opatija Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Babić, Darko ; Došlić, Nađa ; Smith, David ; Tomić, Sanja ; Vlahoviček, Kristian (ur.).
Prediction of protein-protein hetero interaction sites from local sequence information using Random Forest // Book of abstracts, The 2nd Opatija Meeting on Computational Solutions in the Life Sciences / Babić, Darko ; Došlić, Nađa ; Smith, David ; Tomić, Sanja, Vlahoviček, Kristian (ur.).
 
  Neobjavljena sudjelovanja na skupovima
 
Big data in the age of genomics // .
 
  Disertacije
 
Računalna metoda za predviđanje mjesta proteinskih interakcija / doktorska disertacija.
 
  Magistarski radovi
 
Modeli naplate sadržaja u mobilnim paketskim mrežama / magistarski rad.
 
  Vođenje disertacija, magistarskih i diplomskih radova
 
Classification of Large-Scale Biological Annotations Using Word Embeddings Derived from Corpora of Biomedical Research Literature / završni rad - diplomski/integralni studij.
Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja / završni rad - preddiplomski studij.
Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma / završni rad - preddiplomski studij.
dna2vec: vektorska reprezentacija k-torki različite duljine / završni rad - preddiplomski studij.
Computing the Error Profiles of Third Generation Sequencing Technologies / završni rad - diplomski/integralni studij.
Deep Learning Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
Analiza metagenomskog uzorka dobivenog sekvenciranjem koristeći uređaje treće generacije / završni rad - preddiplomski studij.
Classification of 1D-Signal Types Using Semi- Supervised Deep Learning / završni rad - diplomski/integralni studij.
Identification of 1D-Signal Types Using Unsupervised Deep Learning / završni rad - diplomski/integralni studij.
Poravnanje dugačkih RNA očitanja / završni rad - preddiplomski studij.
De novo assembly using long error-prone reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
Poravnanje RNA očitanja na poznate gene / završni rad - preddiplomski studij.
Detectability of Patient Zero Depending on its Position in the Network / završni rad - diplomski/integralni studij.
Stablo Bloomovih filtara za spremanje sljedova / završni rad - preddiplomski studij.
ALGORITHMS FOR DE NOVO GENOME ASSEMBLY FROM THIRD GENERATION SEQUENCING DATA / doktorska disertacija.
Real-Time Analysis of a Metagenomic Sample Obtained by Nanopore Based Sequencing Technology / završni rad - diplomski/integralni studij.
Statistical inference algorithms for epidemic processes on complex networks / doktorska disertacija.
Generiranje konsenzusnog slijeda iz grafova djelomicno uređenih višestrukih poravnanja / završni rad - preddiplomski studij.
Scaffolding using long error-prone reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
Poboljšano sufiksno polje / završni rad - preddiplomski studij.
A reduced gene database for precision species detection / završni rad - diplomski/integralni studij.
Long Read RNA-seq Mapper / završni rad - diplomski/integralni studij.
REKONSTRUKCIJA FILOGENETSKOG STABLA KORISTEĆI METODU UDRUŽIVANJA SUSJEDA / završni rad - preddiplomski studij.
Splice isoform identification from transcript graphs / završni rad - diplomski/integralni studij.
Alat za poravnanje dugackih očitanja / završni rad - preddiplomski studij.
Sufiksno stablo / završni rad - preddiplomski studij.
Rekonstrukcija filogenetskog stabla metodom maksimalne uštede uz razgranaj-ograniči optimizaciju / završni rad - preddiplomski studij.
EAGLER - Eliminating Assembly Gaps by Long Extending Reads / završni rad - diplomski/integralni studij.
De novo transcriptome assembly / završni rad - diplomski/integralni studij.
Global sequence alignment tool / završni rad - diplomski/integralni studij.
De novo metagenomic assembly using Bayesian model-based clustering / završni rad - diplomski/integralni studij.
RNA-seq mapper / završni rad - diplomski/integralni studij.
Information propagation in online social networks / završni rad - preddiplomski studij.
Otkrivanje preklapajućih DNA očitanja / završni rad - diplomski/integralni studij.
Simplification of the Overlap Graph / završni rad - diplomski/integralni studij.
An SIMD dynamic programming C/C++ library / završni rad - diplomski/integralni studij.
Identify pathogen organisms from a stream of RNA sequences / završni rad - diplomski/integralni studij.
Alat za brzo pretraživanje baza bioloških sljedova / završni rad - preddiplomski studij.
Alat za poravnanje genoma / završni rad - preddiplomski studij.
Računalne metode za poboljšanje i validaciju sastavljenih genoma / završni rad - diplomski/integralni studij.
Web sučelje za poravnanje sljedova / završni rad - diplomski/integralni studij.
Alternativno spajanje eksona / završni rad - preddiplomski studij.
SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora / završni rad - diplomski/integralni studij.
Računalna metoda za računanje proteinskih interakcija / završni rad - diplomski/integralni studij.
GPU implementacija vremenski i memorijski učinkovitoga paralelnog algoritma za poravnanje slijedova / završni rad - preddiplomski studij.
Tool for aligning long DNA reads / završni rad - preddiplomski studij.
Evaluacija metode za ispravljanje pogrešaka kod dugačkih očitanja / završni rad - preddiplomski studij.
Sastavljanje optičkih mapa: modul za korekciju grafa / završni rad - preddiplomski studij.
Evaluacija aplikacija za pretraživanje baze proteinskih sljedova / završni rad - preddiplomski studij.
Program za automatsku analizu protein kodirajućih gena / završni rad - diplomski/integralni studij.
GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti / završni rad - diplomski/integralni studij.
Make Me Move - didaktička računalna igra za učenje strukturne molekularne biologije / završni rad - preddiplomski studij.
Web aplikacija za usporednu analizu proteinskih paraloga / završni rad - diplomski/integralni studij.
SWIG - Poravnanje struktura korištenjem iterativne primjene Smith-Waterman algoritma / završni rad - preddiplomski studij.
BioMe - web sučelje baze biološki važnih metala / završni rad - diplomski/integralni studij.
Orthobalancer: aplikacija za kreiranje skupova bioloških vrsta usporedive taksonomske širine / završni rad - diplomski/integralni studij.
Implementacija komprimirane podatkovne strukture za pretraživanje teksta temeljene na FMindeksu / završni rad - preddiplomski studij.
Implementacija FM indeksa / završni rad - preddiplomski studij.
Program za simulaciju pročitanih nizova nukleotida / završni rad - preddiplomski studij.
GPU implementacija vremenski učinkovitog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti / završni rad - preddiplomski studij.
Pronalaženje epistatskih interakcija pomoću algoritma kolonije mrava / završni rad - diplomski/integralni studij.
Optimiranje sigurnosnih pravila vatrozida / magistarski rad.
Implementacija Smith Waterman algoritma koristeći grafičke kartice s CUDA arhitekturom / završni rad - diplomski/integralni studij.
Implementacija algoritma za računanje proteinskih interakcija / završni rad - preddiplomski studij.
Adaptivna valićna transformacija ostvarena na CUDA arhitekturi / završni rad - preddiplomski studij.
Poboljšani algoritam za izbor i provjeru kvalitete najboljih multivarijacijskih modela odnosa strukture i svojstava molekula / magistarski rad.
CUDA implementacija računanja elektrostatske raspodjele naboja / završni rad - preddiplomski studij.
Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka / diplomski rad.
Alat za prianjanje proteina: modul za vizualizaciju / završni rad - diplomski/integralni studij.
Alat za prianjanje proteina: moduli za rotaciju i vrednovanje rezultata / završni rad - diplomski/integralni studij.
Sustav za pristup poslužiteljima u pokretnim mrežama / diplomski rad.
Alat za prianjanje proteina: modul za pripremu prianjanja / završni rad - diplomski/integralni studij.
Alat za prianjanje proteina: modul za utvrđivanje interakcija / završni rad - diplomski/integralni studij.
Analiza sekundarne strukture proteina metodom obrade signala / završni rad - diplomski/integralni studij.
Predviđanje mjesta sekundarne strukture protein iz slijeda aminokiselinskih ostataka / diplomski rad.
Multiresolution analysis of macromolecular structures / završni rad - diplomski/integralni studij.
Simulacija utjecaja karantena na smanjenje širenja epidemije / završni rad - preddiplomski studij.
Baza zastupljenosti metala u proteinima / završni rad - diplomski/integralni studij.
Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma / završni rad - diplomski/integralni studij.
Simulacija utjecaja okupljanja zaraženih gripom na širenje epidemije / završni rad - preddiplomski studij.
Baza podataka metala u proteinima / završni rad - preddiplomski studij.
Baza podataka metala u proteinima / završni rad - diplomski/integralni studij.
Analiza kodirajućih regija u genomu / završni rad - preddiplomski studij.
Klasifikacija kodirajućih regija u genomu / završni rad - preddiplomski studij.
Utjecaj zaraze na svojstva kompleksne mreže / završni rad - preddiplomski studij.
Identifikacija ključnih igrača u kompleksnim mrežama blogova / završni rad - preddiplomski studij.
Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija / završni rad - preddiplomski studij.
Vizualizacija makromolekula / završni rad - preddiplomski studij.
 

Nastava

Sveučilišni preddiplomski

Sveučilišni diplomski

Osobni podaci

Osobna stranica na Webu:
Godina diplomiranja:
1996.
Godina magistriranja:
2002.
Godina doktoriranja:
2008.
Na zavodu od:
1997.