Bioinformatika 1
Prikazani su podaci za akademsku godinu: 2023./2024.
Predavanja
Laboratorijske vježbe
Opis predmeta
Bioinformatika je grana znanosti koja usko povezuje biologiju i računarstvo, a ubrzano se razvijala zadnja dva desetljeća. Pojeftinjenje i sve veća dostupnost tehnologije sekvenciranja rezultirale su stvaranjem velikih skupova bioloških podataka. Veličina i posebnosti tih podataka motivirale su razvoj novih računalnih metoda koje bi omogućile njihovu pohranu, obradu, analizu i prikaz. U ovom predmetu naglasak će biti na računalnom pristupu analizi bioloških sljedova. Bit će izloženi algoritmi i alati za: poravnavanje bioloških sljedova, slaganje genoma i transkriptoma, pronalaženje gena te postupci za rekonstrukciju filogenetskog stabla.
Studijski programi
Sveučilišni preddiplomski
Izborni predmeti (6. semestar)[FER3-HR] Računarstvo - studij
Izborni predmeti
(6. semestar)
Sveučilišni diplomski
Izborni predmeti (2. semestar) Izborni predmeti profila (2. semestar)[FER3-HR] Automatika i robotika - profil
Izborni predmeti
(2. semestar)
Izborni predmeti profila
(2. semestar)
[FER3-HR] Elektroenergetika - profil
Izborni predmeti
(2. semestar)
Izborni predmeti profila
(2. semestar)
Izborni predmeti
(2. semestar)
Izborni predmeti profila
(2. semestar)
[FER3-HR] Elektronika - profil
Izborni predmeti
(2. semestar)
Izborni predmeti profila
(2. semestar)
Izborni predmeti
(2. semestar)
Izborni predmeti profila
(2. semestar)
Izborni predmeti
(2. semestar)
Izborni predmeti profila
(2. semestar)
Izborni predmeti
(2. semestar)
Izborni predmeti
(2. semestar)
Izborni predmet profila
(2. semestar)
[FER3-HR] Računalno inženjerstvo - profil
Izborni predmeti
(2. semestar)
Izborni predmet profila
(2. semestar)
Izborni predmeti
(2. semestar)
[FER3-HR] Računarska znanost - profil
Izborni predmeti
(2. semestar)
[FER3-HR] Znanost o mrežama - profil
Izborni predmeti
(2. semestar)
[FER3-HR] Znanost o podacima - profil
Izborni predmeti
(2. semestar)
Izborni predmeti profila
(2. semestar)
[FER2-HR] Obradba informacija - profil
Predmeti specijalizacije profila
(2. semestar)
[FER2-HR] Programsko inženjerstvo i informacijski sustavi - profil
Predmeti specijalizacije profila
(2. semestar)
[FER2-HR] Računalno inženjerstvo - profil
Predmeti specijalizacije profila
(2. semestar)
Ishodi učenja
- Objasniti neke od otvorenih problema i izazova u modernoj bioinformatici
- Ocijeniti mogućnost primjene pojedinih bioinformatičkih algoritama
- Dizajnirati algortime koji rješavaju probleme u sastavljanju sekvenci
- Usporediti i evaluirati metode za poravnanje sekvenci
- Dizajnirati algoritme za izradu filogenetskih stabala
- Analizirati podatatke iz bioloških baza
- Dizajnirati indeksne strukture temeljene na sufiksnim stabla i sufiksnim poljima
Oblici nastave
Predavanja
Predavanja u učionici.
Samostalni zadaciTimski rad na implementaciji metode.
Način ocjenjivanja
Kontinuirana nastava | Ispitni rok | |||||
---|---|---|---|---|---|---|
Vrsta provjere | Prag | Udio u ocjeni | Prag | Udio u ocjeni | ||
Seminar/Projekt | 0 % | 40 % | 0 % | 40 % | ||
Međuispit: Pismeni | 0 % | 25 % | 0 % | |||
Završni ispit: Pismeni | 40 % | 35 % | ||||
Ispit: Pismeni | 40 % | 60 % |
Tjedni plan nastave
- Proteini. RNA i DNA, Bioinformatičke baze podataka, Formati podataka
- Biološki slijedovi i strukture, Algoritmi dinamičkog programiranja, Projekt
- Algoritmi dinamičkog programiranja, Projekt
- Sufiksna stabla, Projekt
- Sufiksna stabla, Projekt
- Sufiksna polja, Projekt
- Sufiksna polja, FM indeks, Projekt
- Međuispit
- Poravnanje više slijedova, Pretraživanje baza sljedova, BLAST algoritam
- Poravnanje, Zamjenski model, Projekt
- Izgradnja stabla, Evaluacija stabla, Projekt
- Medote sekvenciranja, Mapiranje očitanja, Projekt
- De novo sastavljanje, Preklapanje-Razmještaj-Konsenzus, Projekt
- Graf nizova, De Brujin graf, Projekt
- Završni ispit
Literatura
(.), Mile Sikic, Mirjana Domazet-Loso, Skripta iz bioinformatike,
(.), N.C. Jones, P. J. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms,
(.), D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology,
Za studente
Izvedba
ID 183492
Ljetni semestar
5 ECTS
R1 Engleski jezik
R1 E-učenje
30 Predavanja
0 Seminar
0 Auditorne vježbe
5 Laboratorijske vježbe
0 Konstrukcijske vježbe
0 Vježbe tjelesnog odgoja
Ocjenjivanje
90 izvrstan
75 vrlo dobar
60 dobar
50 dovoljan