Algoritmi u bioinformatici

Opis predmeta

Osnovni pojmovi o biološkim sekvencama. Točno sekvencijalno pretraživanje nizova. Boyer-Moore algoritam. Pretraživanje nizova indeksiranjem. Sufiksno stablo. Sufiksna tabela. Približno pretraživanje nizova. Udaljenosti među nizovima. Dinamičko programiranje. Globalno i lokalno poravnanje. Razmaci, težine, matrice supstitucije. Višestruko poravnanje, profili, porodice. Algoritmi primijenjeni u programima za pretraživanje bioloških baza FASTA, BLAST, GBLAST, BLAT. Problemi u sekvenciranju genoma.

Studijski programi

Poslijediplomski doktorski

Literatura

(.), Dan Gusfield: Algorithms on Strings, Trees and Sequences, Cambridge University Press, 1997.,
(.), Arthur M. Lesk: Introduction to Bioinformatics, Oxford University Press, 2002.,
(.), Richard Durbin, Sean R. Eddy, Anders Krogh, Graeme Mitchison: Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 2003.,

Izvedba

ID 154682
  Zimski semestar
6 ECTS