Algoritmi u bioinformatici

Opis predmeta

Osnovni pojmovi o biološkim sekvencama. Točno sekvencijalno pretraživanje nizova. Boyer-Moore algoritam. Pretraživanje nizova indeksiranjem. Sufiksno stablo. Sufiksna tabela. Približno pretraživanje nizova. Udaljenosti među nizovima. Dinamičko programiranje. Globalno i lokalno poravnanje. Razmaci, težine, matrice supstitucije. Višestruko poravnanje, profili, porodice. Algoritmi primijenjeni u programima za pretraživanje bioloških baza FASTA, BLAST, GBLAST, BLAT. Problemi u sekvenciranju genoma.

Studijski programi

Poslijediplomski doktorski

Literatura

Dan Gusfield (1997.), Algorithms on Strings, Trees and Sequences, Cambridge University Press
Arthur Lesk (2014.), Introduction to Bioinformatics, Oxford University Press
Richard Durbin, Sean R. Eddy, Sean Eddy, Anders Krogh, Graeme Mitchison (1998.), Biological Sequence Analysis, Cambridge University Press

Izvedba

ID 154682
  Zimski semestar
6 ECTS
R0 Engleski jezik