Na FER-u postoji više zaposlenika s imenom



    prof. dr. sc. Mile Šikić

    Redoviti profesor, Zavod za elektroničke sustave i obradbu informacija

    The Applied genomics development strategy by the Croatian academy of sciences and arts paves the way for the future development of applied genomics in Croatia

    Sedlić, Filip; Sertić, Jadranka; Markotić, Alemka; Primorac, Dragan; Slavica, Anita; Zibar, Lada; Vlahoviček, Kristian; Kušec, Vesna; Barić, Ivo; Paar, Vladimir; Borovečki, Fran; Žmak, Ljiljana; Kurolt, Ivan-Christian; Canki-Klain, Nina; Roksandić, Sunčana; Rinčić, Iva; Jurić, Hrvoje; Škaro, Vedrana; Marjanović, Damir; Projić, Petar; Primorac, Damir; Starčević, Antonio; Vujaklija, Dušica; Šikić, Mile; Križanović, Krešimir; Gamulin, Stjepan
    stručni rad, 2024.
    Croatian medical journal

    Telomere-to-telomere phased genome assembly using error-corrected Simplex nanopore reads

    Stanojević, Dominik; Lin, Dehui; Florez De Sessions, Paola; Sikić, Mile
    ostalo, 2024.

    Rockfish: A transformer-based model for accurate 5-methylcytosine prediction from nanopore sequencing

    Stanojević, Dominik; Li, Zhe; Bakić, Sara; Foo, Roger; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2024.
    Nature communications

    The Hitchhiker’s Guide to Sequencing Data Types and Volumes for Population-Scale Pangenome Construction

    Sarashetti, Prasad; Lipovac, Josipa; Tomas, Filip; Šikic, Mile; Liu, Jianjun
    ostali članci/prilozi, 2024.

    Detecting a wide range of epitranscriptomic modifications using a nanopore-sequencing-based computational approach with 1D score-clustering

    Vujaklija, Ivan; Biđin, Siniša; Volarić, Marin; Bakić, Sara; Li, Zhe; Foo, Roger; Liu, Jianjun; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2024.
    Nucleic acids research

    Comparative Analysis of Nanopore-based Unsupervised Learning Methods in Epitranscriptomics

    Vujaklija, Ivan; Biđin, Siniša; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2024.

    Evaluating data requirements for high-quality haplotype-resolved genomes for creating robust pangenome references

    Sarashetti, Prasad; Lipovac, Josipa; Tomas, Filip; Šikić, Mile; Liu, Jianjun
    izvorni znanstveni rad, 2024.
    Genome biology

    RiNALMo: General-Purpose RNA Language Models Can Generalize Well on Structure Prediction Tasks

    Penić, Rafael Josip; Vlašić, Tin; Huber, Roland G.; Wan, Yue; Šikić, Mile
    ostali članci/prilozi, 2024.

    Reconstruction of short genomic sequences with graph convolutional networks

    Vrček, Lovro; Bresson, Xavier; Laurent, Thomas; Schmitz, Martin; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2023.

    Utilizing parental data in trio binning diploid de novo genome assembly

    Lipovac,Josipa;Križanović,Krešimir;Šikić,Mile
    neobjavljeni prilog sa skupa, 2023.

    Facilitating genome structural variation analysis

    Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2023.
    Nature methods

    Reconstruction of short genomic sequences with graph convolutional networks

    Vrček, Lovro; Bresson, Xavier; Thomas, Laurent; Schmitz, Martin; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2023.

    Improving Metagenomic Classification Accuracy through Metagenome Assembly-driven Database Reduction

    Lipovac,Josipa;Friganović,Krešimir;Šikić,Mile;Križanović,Krešimir
    neobjavljeni prilog sa skupa, 2023.

    Harnessing the Power of Language Models to Predict RNA Structure

    Penić, Rafael Josip; Vlašić, Tin; Šikić, Mile
    neobjavljeni prilog sa skupa, 2023.

    Direct identification of A-to-I editing sites with nanopore native RNA sequencing

    Nguyen, Tram Anh ; Heng, Jia Wei Joel ; Kaewsapsak, Pornchai ; Kok, Eng Piew Louis ; Stanojević, Dominik ; Liu, Hao ; Cardilla, Angelysia ; Praditya, Albert ; Yi, Zirong ; Lin, Mingwan ; Aw, Jong Ghut Ashley ; Ho, Yin Ying ; Peh, Kai Lay Esther ; Wang, Yuanming ; Zhong, Qixing ; Heraud-Farlow, Jacki ; Xue, Shifeng ; Reversade, Bruno ; Walkley, Carl ; Ho, Ying Swan ; Šikić, Mile ; Wan, Yue ; Tan, Meng How
    izvorni znanstveni rad, 2022.
    Nature methods

    Asian Reference Genome Project

    Šikić, Mile
    neobjavljeni prilog sa skupa, 2022.

    Genome assembly and chemogenomic profiling of National Flower of Singapore Papilionanthe Miss Joaquim ‘Agnes’ reveals metabolic pathways regulating floral traits

    Lim, Abner Herbert ; Low, Zhen Jie ; Shingate, Prashant Narendra ; Jing, Han Hong ; Chong, Shu Chen ; Ng, Cedric Chuan Young ; Liu, Wei ; Vaser, Robert ; Šikić, Mile ; Sung, Wing-Kin Ken ; Nagarajan, Niranjan ; Tan, Patrick ; Tean Teh, Bin
    izvorni znanstveni rad, 2022.
    Communications biology

    Combining protein and RNA structures information in developing new scoring functions

    Martinović, Ivona
    diplomski rad (sveučilišni), 2022.

    Evaluation of RNA Atom Distance Prediction Models

    Šarić, Jelena
    diplomski rad (sveučilišni), 2022.

    Removing chimeric reads improves metagenome assembly

    Lipovac,Josipa;Huang,Meghan;Šikić,Mile;Bakić,Sara;Požega,Luka;Križanović,Krešimir
    neobjavljeni prilog sa skupa, 2022.

    Detection of Modified Nucleotide Clusters in Nanopore Sequenced RNA Reads

    Lipovac, Josipa
    diplomski rad (sveučilišni), 2021.

    Whole genome comparison of Vibrio harveyi strains from the Mediterranean Sea

    Pavlinec, Željko ; Vaser, Robert ; Zupičić, Ivana Giovanna ; Zrnčić, Snježana ; Oraić, Dražen ; Šikić, Mile
    sažetak izlaganja sa skupa, 2021.

    Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma

    Klabučar, Ivan
    završni rad (sveučilišni), 2021.

    Poopćenje algoritma za poravnanje parcijalnog uređaja

    Rašić, Marin
    završni rad (sveučilišni), 2021.

    Brzo poravnanje visoko pouzdanih dugačkih očitanja

    Staver, Mauro
    završni rad (sveučilišni), 2021.

    Time- and memory-efficient genome assembly with Raven

    Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2021.
    Nature computational science

    A systematic benchmark of Nanopore long read RNA sequencing for transcript level analysis in human cell lines

    Chen, Ying; Davidson, Nadia M.; Wan, Yuk Kei; Patel, Harshil; Yao, Fei; Low, Hwee Meng; Hendra, Christopher; Watten, Laura; Sim, Andre; Sawyer, Chelsea; Iakovleva, Viktoriia; Lee, Puay Leng; Xin, Lixia; Ng, Hui En Vanessa; Loo, Jia Min; Ong, Xuewen; Ng, Hui Qi Amanda; Wang, Jiaxu; Koh, Wei Qian Casslynn; Poon, Suk Yeah Polly; Stanojević, Dominik; Tran, Hoang-Dai; Lim, Kok Hao Edwin; Toh, Shen Yon; Ewels, Philip Andrew; Ng, Huck-Hui; Iyer, N.Gopalakrishna; Thiery, Alexandre; Chng, Wee Joo; Chen, Leilei; DasGupta, Ramanuj; Sikić, Mile; Chan, Yun-Shen; Tan, Boon Ooi Patrick; Wan, Yue; Tam, Wai Leong; Yu, Qiang; Khor, Chiea Chuan; Wüstefeld, Torsten; Pratanwanich, Ploy N.; Love, Michael I.; Goh, Wee Siong Sho; Ng, Sarah B.; Oshlack, Alicia; Göke, Jonathan
    ostalo, 2021.

    Efficacy of next-generation sequencing in bacterial zoonoses diagnostics

    Duvnjak, Sanja ; Pavlinec, Željko ; Vaser, Robert ; Križanović, Krešimir ; Šikić, Mile ; Zdelar-Tuk, Maja ; Reil, Irena ; Spičić, Silvio
    ostalo, 2021.
    Veterinarska stanica

    DNA Nanopore Sequencing Basecaller

    Pavlić, Stanislav
    diplomski rad (sveučilišni), 2021.

    Deep learning model of nanopore sequencing pore

    Penić, Rafael Josip
    diplomski rad (sveučilišni), 2021.

    Whole genome comparison of Vibrio harveyi strains from the Mediterranean Sea

    Pavlinec, Željko ; Vaser, Robert ; Zupičić, Ivana Giovanna ; Zrnčić, Snježana ; Oraić, Dražen ; Šikić, Mile
    sažetak izlaganja sa skupa, 2021.

    Detection of Modified Nucleotide Clusters in Nanopore Sequenced RNA Reads

    Lipovac Josipa
    diplomski rad (sveučilišni), 2021.

    Rapid Microbe Detection Using Deep Learning

    Bakić, Sara
    diplomski rad (sveučilišni), 2021.

    Detection of Modified Nucleotides Using Nanopore Sequencing and Deep Learning Methods

    Deur, Sanja
    diplomski rad (sveučilišni), 2021.

    Deep Learning Model of Nanopore Sequencing Pore

    Penić, Rafael Josip
    diplomski rad (sveučilišni), 2021.

    Rapid overlapping of Single Molecule High-Fidelity Sequencing Data

    Pratljačić, Suzana
    diplomski rad (sveučilišni), 2021.

    Model dubokog učenja pore za sekvenciranje nanoporama

    Penić, Rafael Josip
    diplomski rad (sveučilišni), 2021.

    De Novo Diploid Assembly Using Third-Generation Sequencing Data

    Yatsukha, Roman
    završni rad (sveučilišni), 2020.

    Microbe Detection Using Signal Processing and Locality Sensitive Hashing

    Paulinović, Mate
    diplomski rad (sveučilišni), 2020.

    Sustav za praćenje ispitanika tijekom pretraživanja Google tražilicom

    Šaravanja, Matej
    diplomski rad (sveučilišni), 2020.

    De Novo Metagenome Assembly Using Third Generation Sequencing Dana

    Brekalo, Tvrtko
    završni rad (sveučilišni), 2020.

    Pipeline for Detection Clusters of Modified Nucleotides in Nanopore Sequenced RNA Reads

    Martinović, Ivona
    završni rad (sveučilišni), 2020.

    Deep learning approach to determining the type of long reads

    Vrček, Lovro ; Huang, Megan Hong Hui ; Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    neobjavljeni prilog sa skupa, 2020.

    A step towards neural genome assembly

    Vrček, Lovro ; Veličković, Petar ; Šikić, Mile
    neobjavljeni prilog sa skupa, 2020.

    Overlapping Single Molecule High-Fidelity Sequencing Data

    Babojelić, Dario
    diplomski rad (sveučilišni), 2020.

    Microbe Detection Using Deep Learning

    Baksa, Mirna
    diplomski rad (sveučilišni), 2020.

    Benchmarking metagenomic classification tools for long read sequencing data

    Josip Marić ; Sylvain Riondet ; Krešimir Križanović ; Niranjan Nagarajan ; Mile Šikić
    sažetak izlaganja sa skupa, 2020.

    Popravljanje djelomično sastavljenoga genoma pomoći Hi-C očitanja

    Wolf, Filip
    završni rad (sveučilišni), 2020.

    Detecting Base Modifications in DNA Sequences

    Stanojević Dominik ; Šikić Mile
    prošireni sažetak izlaganja sa skupa, 2020.

    Gornja granica u sastavljanju genoma

    Požega, Luka
    završni rad (sveučilišni), 2019.

    De novo sastavljanje genoma vođeno referencom

    Bakić, Sara
    završni rad (sveučilišni), 2019.

    Klasifikacija očitanja koristeći metode dubokog učenja

    Relić, Borna
    završni rad (sveučilišni), 2019.

    Pronalaženje varijanti gena iz podataka dobivenih sekvenciranjem

    Kosier, Sanja
    završni rad (sveučilišni), 2019.

    Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA o čitanja

    Penić, Rafael Josip
    diplomski rad (sveučilišni), 2019.

    Mapiranje kratkih očitanja

    Pavlić, Stanislav
    završni rad (sveučilišni), 2019.

    Mapiranje dugačkih očitanja

    Pongračić, Kristijan
    završni rad (sveučilišni), 2019.

    Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima

    Lipovac, Josipa
    završni rad (sveučilišni), 2019.

    Early Screening for Preeclampsia

    Rupe, Marina
    diplomski rad (sveučilišni), 2019.

    Statistical inference of exogenous and endogenous information propagation in social networks

    Piškorec, Matija
    doktorski rad, 2019.

    Algorithms for de novo assembly of large genomes

    Vaser, Robert
    doktorski rad, 2019.

    Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA očitanja

    Penić, Rafael Josip
    završni rad (sveučilišni), 2019.

    Classification of 1D-Signal Types Using Deep Learning

    Floreani, Filip
    diplomski rad (sveučilišni), 2019.

    Mapiranje slijeda na graf

    Batić, Dominik
    završni rad (sveučilišni), 2019.

    Using Reference Database for Plasmid Prediction

    Deur, Sanja
    završni rad (sveučilišni), 2019.

    Ocjena alata za identifikaciju vrsta u metagenomskim uzorcima

    Lipovac, Josipa
    završni rad (stručni), 2019.

    Approaches to metagenomic classification and assembly

    Marić, Josip ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2019.

    Yet another de novo genome assembler

    Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    ostalo, 2019.

    Supervised learning approach to long read classification

    Vrček, Lovro ; Šikić, Mile
    prošireni sažetak izlaganja sa skupa, 2019.

    RNA Splice Aware Mapper

    Marić, Josip ; Križanović, Krešimir ; Šikić, Mile
    prošireni sažetak izlaganja sa skupa, 2019.

    Hybrid metagenomic assembly enables high- resolution analysis of resistance determinants and mobile elements in human microbiomes

    Bertrand, Denis ; Shaw, Jim ; Kalathiyappan, Manesh ; Ng, Amanda Hui Qi ; Kumar, M. Senthil ; Li, Chenhao ; Dvornicic, Mirta ; Soldo, Janja Paliska ; Koh, Jia Yu ; Tong, Chengxuan ; Ng, Oon Tek ; Barkham, Timothy ; Young, Barnaby ; Marimuthu, Kalisvar ; Chng, Kern Rei ; Sikic, Mile ; Nagarajan, Niranjan
    izvorni znanstveni rad, 2019.
    Nature biotechnology

    Disentangling Sources of Influence in Online Social Networks

    Piškorec, Matija ; Šmuc, Tomislav ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2019.
    IEEE access

    Poliranje DNA slijeda koristeći metode dubokog učenja

    Vrček, Lovro
    završni rad (sveučilišni), 2019.

    Horizontal silicon nanowires for surface-enhanced Raman spectroscopy

    Gebavi, Hrvoje ; Ristić, Davor ; Baran, Nikola ; Mikac, Lara ; Mohaček-Grošev, Vlasta ; Gotić, Marijan ; Šikić, Mile ; Ivanda, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2018.
    Materials research express

    Hidden Markov Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads

    Selak, Ana Marija
    diplomski rad (sveučilišni), 2018.

    Brzo pretraživanje sličnih proteinskih sljedova

    Babojelić, Dario
    završni rad (sveučilišni), 2018.

    Landau-Vishkin-Nussinov algoritam za poravnanje dva niza

    Vršnak, Donik
    završni rad (sveučilišni), 2018.

    Približni algoritam za brzo računanje poravnanja dvaju dugačkih nizova

    Sodić, Filip
    završni rad (sveučilišni), 2018.

    Procjena očekivanog stupnja potpunosti genoma iz dostupnih očitanja

    Fureš, Matej
    završni rad (sveučilišni), 2018.

    Sustav za pohranu DNA

    Šaravanja, Matej
    završni rad (sveučilišni), 2018.

    Naučene indeksne strukture

    Paulinović, Mate
    završni rad (sveučilišni), 2018.

    Mobilna aplikacija za prikupljanje podataka o korisničkoj aktivnosti

    Baksa, Mirna
    završni rad (sveučilišni), 2018.

    Scaffolding Assembled Genomes with Long Reads

    Krpelnik, Ivan
    diplomski rad (sveučilišni), 2018.

    End-to-End Deep Learning Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads

    Miculinić, Neven
    diplomski rad (sveučilišni), 2018.

    De Novo Metagenome Assembly Using Read Clustering

    Škugor, Luka
    diplomski rad (sveučilišni), 2018.

    Scaffolding Assembled Genomes with Long Reads

    Jurić, Antonio
    diplomski rad (sveučilišni), 2018.

    Protein Database Search Using Partial Order Alignment

    Žuljević, Petar
    diplomski rad (sveučilišni), 2018.

    Classification of Large-Scale Biological Annotations Using Word Embeddings Derived from Corpora of Biomedical Research Literature

    Baćac, Adriano
    diplomski rad (sveučilišni), 2017.

    Read classification using semi-supervised deep learning

    Šebrek, Tomislav ; Tomljanović, Jan ; Krapac, Josip ; Šikić, Mile
    neobjavljeni prilog sa skupa, 2017.

    MinCall | MinION end2end convolutional deep learning basecaller

    Miculinić, Neven ; Ratković, Marko ; Šikić, Mile
    sažetak izlaganja sa skupa, 2017.

    De Novo Assembly using Semi-Supervised Read Categorization

    Šebrek, Tomislav ; Tomljanović, Jan ; Šikić, Mile
    prošireni sažetak izlaganja sa skupa, 2017.

    Algorithms for Layout Phase of De Novo Genome Assembly

    Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    prošireni sažetak izlaganja sa skupa, 2017.

    Unsupervised Learning of Sequencing Read Types

    Tomljanović, Jan ; Šebrek, Tomislav ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2017.

    Differentiating between Exogenous and Endogenous Information Propagation in Social Networks

    Piškorec, Matija ; Šmuc, Tomislav ; Šikić, Mile
    sažetak izlaganja sa skupa, 2017.

    Edlib: a C/C ++ library for fast, exact sequence alignment using edit distance

    Šošić, Martin ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2017.
    Bioinformatics

    Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads

    Vaser, Robert ; Sović, Ivan ; Nagaranjan, Niranjan ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2017.
    Genome research

    Silicon Nanowires Substrates Fabrication for Ultra-Sensitive Surface Enhanced Raman Spectroscopy Sensors

    Gebavi, Hrvoje ; Mikac, Lara ; Marciuš, Marijan ; Šikić, Mile ; Mohaček-Grošev, Vlasta ; Janči, Tibor ; Vidaček, Sanja ; Hasanspahić, Emina ; Omanović Miklićanin, Enisa ; Ivanda, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2017.
    Croatica chemica acta

    Evaluation of tools for long read RNA-seq splice- aware alignment

    Križanović, Krešimir ; Echchiki, Amina ; Roux, Julien ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2017.
    Bioinformatics

    Modeling Peer and External Influence in Online Social Networks: Case of 2013 Referendum in Croatia

    Piškorec, Matija ; Antulov-Fantulin, Nino ; Miholić, Iva ; Šmuc, Tomislav ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2017.
    Studies in computational intelligence

    Ra – Rapid de novo genome assembler

    Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    sažetak izlaganja sa skupa, 2017.

    Rala - Rapid layout module for de novo genome assembly

    Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    sažetak izlaganja sa skupa, 2017.

    Trade-offs in query and target indexing for the selection of candidates in protein homology searches

    Ristov, Strahil ; Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2017.

    Computing the Error Profiles of Third Generation Sequencing Technologies

    Megla, Lucija
    diplomski rad (sveučilišni), 2017.

    Classification of 1D-Signal Types Using Semi- Supervised Deep Learning

    Šebrek, Tomislav
    diplomski rad (sveučilišni), 2017.

    Deep Learning Model for Base Calling of MinION Nanopore Reads

    Ratković, Marko
    diplomski rad (sveučilišni), 2017.

    Identification of 1D-Signal Types Using Unsupervised Deep Learning

    Tomljanović, Jan
    diplomski rad (sveučilišni), 2017.

    Informatika - materijali za predavanja na Vojnom studijskom programu

    Džapo, Hrvoje ; Podobnik, Vedran ; Pribanić, Tomislav ; Seder, Marija ; Šikić, Mile
    ostalo, 2017.

    De Novo Assembly using Unsupervised Read Categorization

    Tomljanović, Jan ; Šebrek, Tomislav ; Šikić, Mile
    prošireni sažetak izlaganja sa skupa, 2017.

    Inference of influence in social networks

    Matija Piškorec, Nino Antulov-Fantulin, Iva Miholić, Tomislav Šmuc, Mile Šikić
    sažetak izlaganja sa skupa, 2017.

    Algoritam za određivanje ukupnog poravnanja dva grafa poravnanja parcijalnog uređaja

    Bradač, Mislav
    završni rad (sveučilišni), 2017.

    Ručno određivanje lažnih preklapanja koja nastaju pri sastavljanju genoma

    Floreani, Filip
    završni rad (sveučilišni), 2017.

    dna2vec: vektorska reprezentacija k-torki različite duljine

    Kutnjak, Mateo
    završni rad (sveučilišni), 2017.

    Analiza metagenomskog uzorka dobivenog sekvenciranjem koristeći uređaje treće generacije

    Rupe, Marina
    završni rad (sveučilišni), 2017.

    RNA Transcriptome Mapping with GraphMap

    Križanović, Krešimir ; Sović, Ivan ; Krpelnik, Ivan ; Šikić, Mile
    sažetak izlaganja sa skupa, 2017.
    Lecture notes in computer science

    De novo assembly using long error-prone reads

    Kostelac, Mario
    diplomski rad (sveučilišni), 2016.

    Stablo Bloomovih filtara za spremanje sljedova

    Škugor, Luka
    završni rad (sveučilišni), 2016.

    Poravnanje RNA očitanja na poznate gene

    Krpelnik, Ivan
    završni rad (sveučilišni), 2016.

    Poravnanje dugačkih RNA očitanja

    Jurić, Antonio
    završni rad (sveučilišni), 2016.

    Real-Time Analysis of a Metagenomic Sample Obtained by Nanopore Based Sequencing Technology

    Vujević, Ivan
    diplomski rad (sveučilišni), 2016.

    Detectability of Patient Zero Depending on its Position in the Network

    Miholić, Iva
    diplomski rad (sveučilišni), 2016.

    Evaluation of hybrid and non-hybrid methods for de novo assembly of nanopore reads

    Sović, Ivan ; Križanović, Krešimir ; Skala, Karolj ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2016.
    Bioinformatics

    Fast and sensitive mapping of nanopore sequencing reads with GraphMap

    Sović, Ivan ; Šikić, Mile ; Wilm Andreas ; Fenlon, Shannon Nicole ; Chen, Swaine
    izvorni znanstveni rad, 2016.
    Nature communications

    SIFT missense predictions for genomes

    Vaser, Robert ; Adusumalli, Swarnaseetha ; Ngak Leng, Sim ; Šikić, Mile ; Ng, Pauline C.
    izvorni znanstveni rad, 2016.
    Nature Protocols

    SWORD—a highly efficient protein database search

    Vaser, Robert ; Pavlović, Dario ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2016.
    Bioinformatics

    Racon - Rapid consensus module for raw de novo genome assembly of long uncorrected reads

    Vaser, Robert; Sović, Ivan; Nagarajan, Niranjan; Šikić, Mile
    neobjavljeni prilog sa skupa, 2016.

    TGTP-DB – a database for extracting genome, transcriptome and proteome data using taxonomy

    Križanović, Krešimir ; Marinović, Mladen ; Bulović, Ana ; Vaser, Robert ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2016.

    Big data in the age of genomics

    Šikić, Mile
    sažetak izlaganja sa skupa, 2016.

    SWORD—a highly efficient protein database search

    Vaser, Robert ; Pavlović, Dario ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2016.
    Bioinformatics

    ALGORITHMS FOR DE NOVO GENOME ASSEMBLY FROM THIRD GENERATION SEQUENCING DATA

    Sović, Ivan
    doktorski rad, 2016.

    Rekonstrukcija filogenetskog stabla metodom maksimalne uštede uz razgranaj-ograniči optimizaciju

    Selak, Ana Marija
    završni rad (sveučilišni), 2015.

    Identification of Patient Zero in Static and Temporal Networks : Robustness and Limitations

    Antulov-Fantulin, Nino ; Lančić, Alen ; Šmuc, Tomislav ; Štefančić, Hrvoje ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2015.
    Physical review letters

    SW#db: GPU-Accelerated Exact Sequence Similarity Database Search

    Korpar, Matija ; Šošić, Martin ; Blažeka, Dino ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2015.
    PLoS One

    A reduced gene database for precision species detection

    Humski, Dorija
    diplomski rad (sveučilišni), 2015.

    Splice isoform identification from transcript graphs

    Pavlović, Dario
    diplomski rad (sveučilišni), 2015.

    EAGLER - Eliminating Assembly Gaps by Long Extending Reads

    Šterbić, Luka
    diplomski rad (sveučilišni), 2015.

    Generiranje konsenzusnog slijeda iz grafova djelomicno uređenih višestrukih poravnanja

    Baćac, Adriano
    završni rad (sveučilišni), 2015.

    Alat za poravnanje dugackih očitanja

    Ratković, Marko
    završni rad (sveučilišni), 2015.

    Global sequence alignment tool

    Žužić, Goran
    diplomski rad (sveučilišni), 2015.

    REKONSTRUKCIJA FILOGENETSKOG STABLA KORISTEĆI METODU UDRUŽIVANJA SUSJEDA

    Megla, Lucija
    završni rad (sveučilišni), 2015.

    Sufiksno stablo

    Šebrek, Tomislav
    završni rad (sveučilišni), 2015.

    Continuum model of gene expression

    Novak, Andrej, Racz, Gabriela C. ; Sedmak, Goran ; Šikić, Mile
    sažetak izlaganja sa skupa, 2015.

    Statistical inference algorithms for epidemic processes on complex networks

    Antulov-Fantulin, Nino
    doktorski rad, 2015.

    Poboljšano sufiksno polje

    Hadviger, Antea
    završni rad (sveučilišni), 2015.

    Scaffolding using long error-prone reads

    Čulinović, Marko
    diplomski rad (sveučilišni), 2015.

    De novo transcriptome assembly

    Vaser, Robert
    diplomski rad (sveučilišni), 2015.

    Long Read RNA-seq Mapper

    Marić, Josip
    diplomski rad (sveučilišni), 2015.

    Some new results on assessment of Q-gram filter efficiency

    Novak, Andrej ; Križanović, Krešimir ; Lančić, Alen ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2015.

    Simplification of the Overlap Graph

    Rahle, Bruno
    diplomski rad (sveučilišni), 2014.

    Information propagation in online social networks

    Miholić, Iva
    završni rad (sveučilišni), 2014.

    Alat za poravnanje genoma

    Žuljević, Petar
    završni rad (sveučilišni), 2014.

    Statistical Inference Framework for Source Detection of Contagion Processes on Arbitrary Network Structures

    Antulov-Fantulin, Nino ; Lančić, Alen ; Štefančić, Hrvoje ; Šikić, Mile ; Šmuc, Tomislav
    izvorni znanstveni rad, 2014.

    De novo metagenomic assembly using Bayesian model-based clustering

    Dvorničić, Mirta
    diplomski rad (sveučilišni), 2014.

    RNA-seq mapper

    Jerković, Igor
    diplomski rad (sveučilišni), 2014.

    ExoLocator—an online view into genetic makeup of vertebrate proteins

    Khoo, Aik-Aun ; Ogrizek-Tomaš, Mario ; Bulović, Ana ; Korpar, Matija ; Gurler, Ece ; Slijepčević, Ivan ; Šikić, Mile ; Mihalek, Ivana
    izvorni znanstveni rad, 2014.
    Nucleic acids research

    An SIMD dynamic programming C/C++ library

    Šošić, Martin
    diplomski rad (sveučilišni), 2014.

    Alat za brzo pretraživanje baza bioloških sljedova

    Vujević, Ivan
    završni rad (sveučilišni), 2014.

    Identify pathogen organisms from a stream of RNA sequences

    Šošić, Matija
    diplomski rad (sveučilišni), 2014.

    Otkrivanje preklapajućih DNA očitanja

    Osrečki, Matija
    diplomski rad (sveučilišni), 2014.

    Računalne metode za poboljšanje i validaciju sastavljenih genoma

    Županović, Vanessa
    diplomski rad (sveučilišni), 2014.

    Evaluacija aplikacija za pretraživanje baze proteinskih sljedova

    Vaser, Robert
    završni rad (sveučilišni), 2013.

    Tool for aligning long DNA reads

    Pavetić, Filip
    završni rad (sveučilišni), 2013.

    SW#–GPU-enabled exact alignments on genome scale

    Korpar, Matija ; Šikić, Mile
    kratko priopćenje, 2013.
    Bioinformatics

    Web sučelje za poravnanje sljedova

    Blažeka, Dino
    diplomski rad (sveučilišni), 2013.

    GPU implementacija vremenski i memorijski učinkovitoga paralelnog algoritma za poravnanje slijedova

    Mikulić, Marija
    završni rad (sveučilišni), 2013.

    Sastavljanje optičkih mapa: modul za korekciju grafa

    Šterbić, Luka
    završni rad (sveučilišni), 2013.

    Alternativno spajanje eksona

    Humski, Dorija
    završni rad (sveučilišni), 2013.

    Evaluacija metode za ispravljanje pogrešaka kod dugačkih očitanja

    Pavlović, Dario
    završni rad (sveučilišni), 2013.

    SW# - Biblioteka za poravnanje sljedova korištenjem grafičkih procesora

    Korpar, Matija
    diplomski rad (sveučilišni), 2013.

    Računalna metoda za računanje proteinskih interakcija

    Kušević, Katarina
    diplomski rad (sveučilišni), 2013.

    Epidemic centrality — is there an underestimated epidemic impact of network peripheral nodes?

    Šikić, Mile ; Lančić, Alen ; Antulov-Fantulin, Nino ; Štefančić, Hrvoje
    izvorni znanstveni rad, 2013.
    European physical journal B : condensed matter physics

    Approaches to DNA de novo Assembly

    Sović, Ivan ; Skala, Karolj ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2013.

    From Short to Long Reads: Benchmarking Assembly Tools

    Sović, Ivan ; Skala, Karolj ; Šikić, Mile
    sažetak izlaganja sa skupa, 2013.

    Protein database search optimization based on CUDA and MPI

    Pavlović, Dario ; Vaser, Robert ; Korpar, Matija ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2013.

    FastSIR algorithm : A fast algorithm for the simulation of the epidemic spread in large networks by using the susceptible–infected–recovered compartment model

    Antulov-Fantulin, Nino ; Lančić, Alen ; Štefančić, Hrvoje ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2013.
    Information sciences

    Proteini i nukleinske kiseline u vremenu i prostoru

    Tomić, Sanja ; Brkić, Hrvoje ; Grabar Branilović, Marina ; Tomić, Antonija ; Branimir, Bertoša ; Mile, Šikić
    izvorni znanstveni rad, 2013.

    Aspects of DNA Assembly Acceleration on Reconfigurable Platforms

    Sović, Ivan ; Šikić, Mile ; Skala, Karolj
    izvorni znanstveni rad, 2013.

    BioMe - web sučelje baze biološki važnih metala

    Rakipović, Alen
    diplomski rad (sveučilišni), 2012.

    Large-Scale Functional Organization of Long-Range Chromatin Interaction Networks

    Sandhu, Kuljeet Singh ; Li, Guoliang ; Poh, Huay Mei ; Quek , Yu Ling Kelly ; Sia , Yee Yen ; Peh, Su Qin ; Mulawadi, Fabianus Hendriyan ; Lim , Joanne ; Šikić, Mile ; Menghi, Francesca ; Thalamuthu, Anbupalam ; Sung , Wing Kin ; Ruan, Xiaoan ; Fullwood, Melissa Jane ; Liu, Edison ; Csermely , Peter ; Ruan, Yijun
    izvorni znanstveni rad, 2012.
    Cell Reports

    GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti

    Hucaljuk, Josip
    diplomski rad (sveučilišni), 2012.

    Prediction of interacting protein residues using sequence and structure data.

    Franke, Vedran ; Šikić, Mile ; Vlahoviček, Kristian
    izvorni znanstveni rad, 2012.

    CUDA implementation of the algorithm for simulating the epidemic spreading over large networks

    Šošić, Matija ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2012.

    BioMe : biologically relevant metals

    Tus, Alan ; Rakipović, Alen ; Peretin, Goran ; Tomić, Sanja ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2012.
    Nucleic acids research

    GPU implementacija vremenski učinkovitog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti

    Žužić, Goran
    završni rad (sveučilišni), 2012.

    Implementacija FM indeksa

    Šošić, Matija
    završni rad (sveučilišni), 2012.

    SWIG - Poravnanje struktura korištenjem iterativne primjene Smith-Waterman algoritma

    Rahle, Bruno
    završni rad (sveučilišni), 2012.

    Program za automatsku analizu protein kodirajućih gena

    Bulović, Ana
    diplomski rad (sveučilišni), 2012.

    Implementacija komprimirane podatkovne strukture za pretraživanje teksta temeljene na FMindeksu

    Šošić, Martin
    završni rad (sveučilišni), 2012.

    Program za simulaciju pročitanih nizova nukleotida

    Županović, Vanessa
    završni rad (sveučilišni), 2012.

    Web aplikacija za usporednu analizu proteinskih paraloga

    Ogrizek-Tomaš, Mario
    diplomski rad (sveučilišni), 2012.

    Orthobalancer: aplikacija za kreiranje skupova bioloških vrsta usporedive taksonomske širine

    Slijepčević, Ivan
    završni rad (sveučilišni), 2012.

    Make Me Move - didaktička računalna igra za učenje strukturne molekularne biologije

    Jerković, Igor
    završni rad (sveučilišni), 2012.

    Epidemic centrality – identifying “superspreaders” in complex networks

    Šikić, Mile ; Lančić, Alen ; Antulov-Fantulin, Nino ; Štefančić, Hrvoje
    sažetak izlaganja sa skupa, 2011.

    Optimiranje sigurnosnih pravila vatrozida

    Katić, Tihomir
    magistarski rad (znanstveni), 2011.

    Adaptivna valićna transformacija ostvarena na CUDA arhitekturi

    Osrečki, Matija
    završni rad (sveučilišni), 2011.

    Alat za prianjanje proteina: modul za vizualizaciju

    Sović, Ivan
    diplomski rad (sveučilišni), 2011.

    Phase diagram of epidemic spreading — unimodal vs. bimodal probability distributions

    Lančić, Alen ; Antulov-Fantulin, Nino ; Šikić, Mile ; Štefančić, Hrvoje
    izvorni znanstveni rad, 2011.
    Physica. A, Statistical mechanics and its applications

    CUDA implementacija računanja elektrostatske raspodjele naboja

    Pavetić, Filip
    završni rad (sveučilišni), 2011.

    Pronalaženje epistatskih interakcija pomoću algoritma kolonije mrava

    Blažeka, Dino
    završni rad (sveučilišni), 2011.

    Poboljšani algoritam za izbor i provjeru kvalitete najboljih multivarijacijskih modela odnosa strukture i svojstava molekula

    Papeš Šokčević, Lidija
    magistarski rad (znanstveni), 2011.

    Implementacija Smith Waterman algoritma koristeći grafičke kartice s CUDA arhitekturom

    Korpar, Matija
    završni rad (sveučilišni), 2011.

    Implementacija algoritma za računanje proteinskih interakcija

    Kušević, Katarina
    završni rad (sveučilišni), 2011.

    Predviđanje površine dostupne otapalu iz slijeda aminokiselinskih ostataka

    Popović, Irena
    diplomski rad (sveučilišni), 2011.

    Multiresolution analysis of macromolecular structures

    Matija Piškorec
    diplomski rad (sveučilišni), 2010.

    Simulacija utjecaja karantena na smanjenje širenja epidemije

    Ogrizek-Tomaš, Mario
    završni rad (sveučilišni), 2010.

    Baza zastupljenosti metala u proteinima

    Peretin, Goran
    diplomski rad (sveučilišni), 2010.

    Parallel Protein Docking Tool

    Sović, Ivan ; Antulov-Fantulin, Nino ; Čanadi, Igor ; Piškorec, Matija ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2010.

    Sustav za pristup poslužiteljima u pokretnim mrežama

    Bilić, Ivan
    diplomski rad (sveučilišni), 2010.

    Alat za prianjanje proteina: modul za pripremu prianjanja

    Čanadi, Igor
    završni rad (sveučilišni), 2010.

    Predviđanje mjesta sekundarne strukture protein iz slijeda aminokiselinskih ostataka

    Janjić, Saša
    diplomski rad (sveučilišni), 2010.

    Analiza sekundarne strukture proteina metodom obrade signala

    Ćurić, Jura
    diplomski rad (sveučilišni), 2010.

    Alat za prianjanje proteina: moduli za rotaciju i vrednovanje rezultata

    Antulov-Fantulin, Nino
    diplomski rad (sveučilišni), 2010.

    Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma

    Petrović, Juraj
    diplomski rad (sveučilišni), 2010.

    Simulacija utjecaja okupljanja zaraženih gripom na širenje epidemije

    Rakipović, Alen
    završni rad (sveučilišni), 2010.

    Alat za prianjanje proteina: modul za utvrđivanje interakcija

    Čolić, Dragana
    diplomski rad (sveučilišni), 2010.

    Baza podataka metala u proteinima

    Tus, Alan
    završni rad (sveučilišni), 2010.

    Klasifikacija kodirajućih regija u genomu

    Štimac, Maja
    završni rad (sveučilišni), 2009.

    Analiza kodirajućih regija u genomu

    Bokšić, Mirna
    završni rad (sveučilišni), 2009.

    Prediction of Protein-Protein Interaction Sites in Sequences and 3D Structures by Random Forests

    Šikić, Mile ; Tomić, Sanja ; Vlahoviček, Kristian
    izvorni znanstveni rad, 2009.
    Plos computational biology

    PSAIA - Protein Structure and Interaction Analyzer

    Mihel, Josip ; Šikić, Mile ; Tomić, Sanja ; Jeren Branko ; Vlahoviček, Kristian
    izvorni znanstveni rad, 2008.
    BMC structural biology

    Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija

    Petrović, Juraj
    završni rad (sveučilišni), 2008.

    Vizualizacija makromolekula

    Sović, Ivan
    završni rad (sveučilišni), 2008.

    Računalna metoda za predviđanje mjesta proteinskih interakcija

    Šikić, Mile
    doktorski rad, 2008.

    Utjecaj zaraze na svojstva kompleksne mreže

    Antulov-Fantulin, Nino
    završni rad (sveučilišni), 2008.

    Metals in proteins: correlation between the metal- ion type, coordination number and the amino-acid residues involved in the coordination

    Dokmanić, Ivan ; Šikić, Mile ; Tomić, Sanja
    izvorni znanstveni rad, 2008.
    Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography

    Comparison of the RADIUS and Diameter Protocols

    Stanke, Mladen ; Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2008.

    Identifikacija ključnih igrača u kompleksnim mrežama blogova

    Piškorec, Matija
    završni rad (sveučilišni), 2008.

    Correlating protein surface shape and hydrophobicity using spherical harmonical expansions

    Dokmanić, Ivan ; Šikić, Mile ; Tomić, Sanja
    sažetak izlaganja sa skupa, 2007.

    Prediction of protein-protein hetero interaction sites from local sequence information using Random Forest

    Šikić, Mile ; Jeren, Branko ; Vlahoviček, Kristian
    sažetak izlaganja sa skupa, 2007.

    Protecting and controlling Virtual LANs by Linux router-firewall

    Katić, Tihomir ; Šikić, Mile ; Šikić, Krešimir
    izvorni znanstveni rad, 2005.

    Efikasno upravljanje e-mailom

    Šikić, Mile
    stručni rad, 2004.

    Model naplate sadržaja i usluga u mobilnim paketskim mrežama

    Šikić, Mile
    izvorni znanstveni rad, 2003.

    Sigurnost bežičnih LAN-ova

    Šikić, Mile
    stručni rad, 2003.

    Mobile content efficiency and business model

    Šikić, Mile
    ostalo, 2003.

    Modeli naplate sadržaja u mobilnim paketskim mrežama

    Šikić, Mile
    magistarski rad (znanstveni), 2002.

    Nastava

    Sveučilišni preddiplomski

    Sveučilišni diplomski

    Poslijediplomski doktorski

    Kompetencije

    • Computational and artificial intelligence
      Artificial intelligence Computation theory
    • Computers and information processing
      Network theory (graphs) DNA computing

    Osobni podaci

    Godina diplomiranja:
    1996.
    Godina magistriranja:
    2002.
    Godina doktoriranja:
    2008.
    Na zavodu od:
    1997.