Naslovnica Pretraživanje AAA
IZBORNIK PREDMETA
 
GLAVNI IZBORNIK
 
 
ALGORITMI U BIOINFORMATICI
Šifra: 11346
ECTS: 6
Nositelji: doc. dr. sc. Strahil Ristov
Engleski jezik:

1,1,1

Svi elementi nastave na predmetu provode se na engleskom jeziku. Ova razina uključuje i predmete s više nastavnih grupa (u hrvatskoj grupi nastava je isključivo na hrvatskom jeziku, a u engleskoj grupi isključivo na engleskom jeziku).
Opis predmeta:
Osnovni pojmovi o biološkim sekvencama. Točno sekvencijalno pretraživanje nizova. Boyer-Moore algoritam. Pretraživanje nizova indeksiranjem. Sufiksno stablo. Sufiksna tabela. Približno pretraživanje nizova. Udaljenosti među nizovima. Dinamičko programiranje. Globalno i lokalno poravnanje. Razmaci, težine, matrice supstitucije. Višestruko poravnanje, profili, porodice. Algoritmi primijenjeni u programima za pretraživanje bioloških baza FASTA, BLAST, GBLAST, BLAT. Problemi u sekvenciranju genoma.
Literatura:
  1. Dan Gusfield: Algorithms on Strings, Trees and Sequences, Cambridge University Press, 1997.
  2. Arthur M. Lesk: Introduction to Bioinformatics, Oxford University Press, 2002.
  3. Richard Durbin, Sean R. Eddy, Anders Krogh, Graeme Mitchison: Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 2003.
Termini konzultacija:
OBAVIJESTI
Objavljeno: 11.12.2014. u 11:25
Uređeno: 17.11.2016. u 16:15

Predavanja iz predmeta Algoritmi u bioinformatici održat će se na Institutu Ruđer Bošković, X krilo, soba D-002. Termin predavanja je petak, 25.11.2016. od 14 do 17 sati.

 

Strahil Ristov

sristov
FORUM
Sortiraj prema: naslovu | vremenu zadnjeg odgovora | vremenu otvaranja teme
Naslov Odgovori Zadnji odg.
ČESTA PITANJA
REPOZITORIJ
 
Repozitorij je prazan
REPOZITORIJ
 
Repozitorij je prazan
ANKETA
 
Na ovoj stranici trenutno nije odabrana niti jedna anketa!