|
Šifra:
|
11346
|
|
ECTS:
|
6
|
Nositelji:
|
Doc. dr. sc.
Strahil Ristov
|
Engleski jezik:
1,1,1
|
Svi elementi nastave na predmetu provode se na engleskom jeziku. Ova razina uključuje i predmete s više nastavnih grupa (u hrvatskoj grupi nastava je isključivo na hrvatskom jeziku, a u engleskoj grupi isključivo na engleskom jeziku).
|
Opis predmeta:
|
Osnovni pojmovi o biološkim sekvencama. Točno sekvencijalno pretraživanje nizova. Boyer-Moore algoritam. Pretraživanje nizova indeksiranjem. Sufiksno stablo. Sufiksna tabela. Približno pretraživanje nizova. Udaljenosti među nizovima. Dinamičko programiranje. Globalno i lokalno poravnanje. Razmaci, težine, matrice supstitucije. Višestruko poravnanje, profili, porodice. Algoritmi primijenjeni u programima za pretraživanje bioloških baza FASTA, BLAST, GBLAST, BLAT. Problemi u sekvenciranju genoma.
|
Literatura:
|
- Dan Gusfield: Algorithms on Strings, Trees and Sequences, Cambridge University Press, 1997.
- Arthur M. Lesk: Introduction to Bioinformatics, Oxford University Press, 2002.
- Richard Durbin, Sean R. Eddy, Anders Krogh, Graeme Mitchison: Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 2003.
|
|
